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2014 Fiscal Year Annual Research Report

高次運動機能障害の分子病理理解に資するマウス・デジタル脳遺伝子発現解析

Research Project

Project/Area Number 26280110
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

於保 祐子  独立行政法人理化学研究所, 光量子工学研究領域, 客員研究員 (60381571)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横田 秀夫  独立行政法人理化学研究所, 光量子工学研究領域, チームリーダー (00261206)
太田 聡史  独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 専任研究員 (30391890)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords遺伝子発現 / 随意運動 / ハンチントン病 / モーションキャプチャー
Outline of Annual Research Achievements

二つの独自開発技術、すなわち、脳に発現する全ての遺伝子の発現分布を、解剖学的形態を俯瞰する仮想3次元ex vivo 空間で測定する方法:Transcriptome Tomography(TT 法)と、小型動物の動きを高精度解析するモーションキャプチャー法(hMC 法)を用い、意志に基づく運動(随意運動)が進行性に障害され、不随意運動が現れるハンチントン病(HD)モデルマウスについて、発症前後で経時的に、脳内遺伝子発現分布と上下肢・体幹の動きを測定し、脳機能障害と運動異常との関連を解析する。これにより、脳高次機能障害での不随意運動の分子病態について、治療薬開発などに繋がる新知見を得て、最終的には随意運動中枢機能とその病態理解をめざして研究を行っている。結果はデータベース化して公開する。
2014年度は、生後5週のHDモデルマウスについて、上記2つの方法及び脳MRIを実施し、脳の形態、遺伝子発現と、歩行や姿勢制御についてのタスクを負荷した場合の動きを測定した、同一週令のコントロールマウスと比較した。5週令では従来、行動異常や遺伝子発現異常は観察されていない。確かにMRIではコントロールに比べ著明な変化を認めなかった。ところが新規法で高精細にデータを取得することで、発症のごく初期の遺伝子発現レベルの変化、行動異常を検知することができた。
このように新規所見を得ることができたので、当初の研究計画を一部変更し、次年度は更に、週令の若いマウスでの比較を試み、発症前に起こる分子レベルでの異常と、それによる随意運動障害の分子病理を解析する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度の研究計画のうち1)解析プログラムの改良‐1.遺伝子発現解析プログラムの改良については、脳領域選定法を変更する必要があるので(下記理由)開発がやや遅れているが‐2.MC 解析法の改良は予定どうり進んだ。2)運動データと遺伝子発現データの取得を、予定を変更して5週令で行った。2)を変更したことにより、従来法では観察できなかった病初期の行動異常と、遺伝子発現異常について観測できた。1)-1の解析プログラムの改良はこうした病初期の変化を精細に解析できる方法を検討中である。
このように1)-1の遅れはあるが、予想以上に従来法では観察できなかった病態を明らかにできる可能性を示すことができ、全体としておおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

まず5週令HD・コントロールマウスの行動の逆運動学的解析、遺伝子発現解析を詳細に行い、次に、更に若いマウスでの実験を行う(3週を予定)。当初の研究計画よりも脳の発達期に焦点をあてた実験を行う事で、発症前に、神経細胞が進行性の変性変化を起こす前に治療的に介入する手段を探る手がかりを求める。

Causes of Carryover

疾患モデルマウスの入手先を海外研究機関から理研に変更できたので、入手経費が減少したため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

27年度マウス測定等を当初計画より対象数を多くして行う。

  • Research Products

    (19 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 2 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Anatomical landmarks for registration of experimental image data to volumetric rodent brain atlasing templates2015

    • Author(s)
      Sergejeva, M, Papp, E. A., Bakker, R., Gaudnek, M. A., Okamura-Oho, Y., Boline, J., Bjaalie, J. G., Hess, A
    • Journal Title

      J. Neurosci. Methods

      Volume: 240 Pages: 161-169

    • DOI

      10.1016/j.jneumeth.2014.11.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Numerical simulation of airflow and microparticle deposition in a synchrotron micro-CT-based pulmonary acinus model2015

    • Author(s)
      T. Sera, K. Uesugi, N. Yagi, and H. Yokota
    • Journal Title

      Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering

      Volume: 18 Pages: 1427-1435

    • DOI

      10.1080/10255842.2014.915030

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Broad Integration of Expression Maps and Co-Expression Networks Compassing Novel Gene Functions in the Brain2014

    • Author(s)
      Okamura-Oho Y〇, Shimokawa K, Nishimura M, Takemoto S, Sato A, Furuichi T, Yokota H.
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 4 Pages: 6969

    • DOI

      10.1038/srep06969

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Solvable model for chemical oscillations2014

    • Author(s)
      E. Chikayama, Y. Sunaga, S. Noda, H. Yokota
    • Journal Title

      Journal of Mathematical Chemistry

      Volume: 52 Pages: 399-406

    • DOI

      10.1007/s10910-013-0275-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Whole-Brain Imaging with Single-Cell Resolution Using Chemical Cocktails and Computational Analysis2014

    • Author(s)
      E. A. Susaki, K. Tainaka, D. Perrin, F. Kishino, T. Tawara, T. M. Watanabe, C. Yokoyama, H. Onoe, M. Eguchi, S. Yamaguchi, T. Abe, H. Kiyonari, Y. Shimizu, A. Miyawaki, H. Yokota, and H. R. Ueda
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 157 Pages: 726-739

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.03.042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of open urinary tract in laparoscopic partial nephrectomy by virtual resection plane visualization2014

    • Author(s)
      D. Ueno, K. Makiyama, H. Yamanaka, T. Ijiri, H. Yokota, and Y. Kubota
    • Journal Title

      BMC Urology

      Volume: 14 Pages: 47

    • DOI

      10.1186/1471-2490-14-47

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Communication Platform for Image Analysis and Sharing in Biology2014

    • Author(s)
      M. Morita, T. Tawara, M. Nishimura, S. Yoshizawa, B. Chou, I. Kuroki, T. Ijiri, Y. Tsujimura, R. Himeno, and H. Yokota
    • Journal Title

      International Journal of Networking and Computing

      Volume: 4 Pages: 369-391

    • DOI

      http://doi.org/10.15803/ijnc.4.2_369

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Flower Modeling via X-ray Computed Tomography2014

    • Author(s)
      T. Ijiri, S. Yoshizawa, H. Yokota, and T. Igarashi,
    • Journal Title

      ACM Transactions on Graphics

      Volume: 33 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1145/2601097.2601124

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient parallel LOD-FDTD method for Debye-dispersive media2014

    • Author(s)
      Tadashi Hemmi, Fumie Costen, Salvador Garcia, Ryutaro Himeno, Hideo Yokota, Mehshan Mustafa
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Antennas and Propagation

      Volume: 62 Pages: 1330-1338

    • DOI

      10.1109/TAP.2013.2294860

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] オーダーメ─ド再生医療に向けたコンピュータサイエンス2014

    • Author(s)
      横田秀夫
    • Journal Title

      四国医学雑誌

      Volume: 70 Pages: 208-218

  • [Presentation] Ex-vivo transcriptomic analysis on the web: a new platform of ViBrism DB for gene expression mapping and analysis2015

    • Author(s)
      Yuko Okamura-Oho, Masahiko Morita, Kazuro Shimokawa, Masaomi Nishimura, Takahiro Tawara, Hideo Yokota
    • Organizer
      Neuroinformatics 2015
    • Place of Presentation
      Cairns, Australia
    • Year and Date
      2015-08-20 – 2015-08-22
  • [Presentation] 3次元内部構造顕微鏡による3次元計測の生物・材料分野への挑戦と展開2015

    • Author(s)
      於保祐子
    • Organizer
      RIKENシンポジウム
    • Place of Presentation
      理化学研究所 仁科センター 大会議室、和光市、埼玉県
    • Year and Date
      2015-02-06
    • Invited
  • [Presentation] Transcriptome tomography: mapping genes onto 3D brain structures2014

    • Author(s)
      Yuko Okamura-Oho, Kazuro Shimokawa, Sakiko Nakamura, Yuki Tsujimura, Masaomi Nishimura, Satoko Takemoto, Masahiko Morita, Takashi Ijiri, Takehiro Tawara, Hideo Yokota
    • Organizer
      Annual meeting of Society of Neuroscience 2014
    • Place of Presentation
      Washington DC, USA
    • Year and Date
      2014-11-15 – 2014-11-19
  • [Presentation] Integrated Analysis of Expression Maps and Co-Expression Networks Using a Dataset of ViBrism DB2014

    • Author(s)
      Yuko Okamura-Oho, Kazuro Shimokawa, Masaomi Nishimura, Satoko Takemoto, Masahiko Morita, Hideo Yokota
    • Organizer
      AINI2014
    • Place of Presentation
      Wako, Japan
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-26
  • [Presentation] Novel genes located in the co-expression networks detected with Transcriptome Tomography2014

    • Author(s)
      Yuko Okamura-Oho, Kazuro Shimokawa, Masaomi Nishimura, Satoko Takemoto, Akira Sato, Teiichi Furuichi, Hideo Yokota
    • Organizer
      Neuroinformatics 2014
    • Place of Presentation
      Leiden, Nederland
    • Year and Date
      2014-08-25 – 2014-08-27
  • [Presentation] トランスクリプトーム・トモグラフィーを用いた遺伝子発現に基づく全脳地図作成2014

    • Author(s)
      於保祐子
    • Organizer
      科学技術振興機構主催 理化学研究所新技術説明会
    • Place of Presentation
      JST 東京本部別館ホール、市ヶ谷、東京
    • Year and Date
      2014-06-12 – 2014-06-13
    • Invited
  • [Book] バイオ画像解析手取り足取りガイド,第3章,5)2014

    • Author(s)
      森田正彦,西村将臣,横田秀夫
    • Total Pages
      208-218
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理2014

    • Author(s)
      北上始, 斉藤成也, 太田聡史
    • Total Pages
      226
    • Publisher
      コロナ社
  • [Remarks] ViBrism DB

    • URL

      http://vibrism.neuroinf.jp/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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