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2014 Fiscal Year Annual Research Report

ドメインスワッピングを利用したタンパク質の超分子化技術の開発と機能化

Research Project

Project/Area Number 26288080
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (90283457)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords蛋白質 / 超分子化学 / 生体分子 / ナノバイオ / 多量体 / 立体構造
Outline of Annual Research Achievements

ウマシトクロムc(cyt c)はエタノールで処理すると、C末端領域のαへリックスを分子間で交換してドメインスワッピングする。本研究では、高イオン濃度下、ウマcyt cを高タンパク質濃度で酸性モルテングロビュール状態から中性状態へフォールディングさせると、多量体が形成することを見出した。得られた2量体は、C末端αヘリックスをプロトマー間で交換し、これまでに報告した2量体と同じドメインスワップ構造を有していた。125 mM ClO4-を含む酸性溶液中のcyt cモルテングロビュール状態では、cyt c分子の約25%がお互いに相互作用し、凝集していることがX線小角散乱測定により示唆された。一方、cyt cを125 mM ClO4-を含む酸性モルテングロビュール状態から中性状態へフォールディングさせると、cyt c分子の約11%がドメインスワップ2量体として得られた。これらの結果は、cyt cのモルテングロビュール状態での凝集体が一定の割合でドメインスワップ多量体に折れ畳まることを示しており、ドメインスワップした多量体を形成するための相互作用はモルテングロビュール状態で既に存在することが示唆された。
ミオグロビン(Mb)がアルコール添加により分子間で同じ構造領域をドメインスワッピングして二量体を形成することを利用し、Mbの分子表面を精密設計することにより、異なる2つのヘム活性部位を有する人工Mb二量体を作製することに初めて成功した。さらに、Mb 2量体の一酸化炭素結合挙動を明らかにした。Mbの単量体と2量体で、活性部位構造が類似していても、タンパク質構造の変化により一酸化炭素の結合特性が異なることが判明した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ウマシトクロムc、緑膿菌由来シトクロムc551、超好熱菌由来シトクロムc555、ミオグロビンなどのドメインスワッピングに関連する論文が国際学術雑誌に8報掲載された。ミオグロビンのヘテロダイマー作製に関する研究成果は、ドイツの総合化学誌に掲載された。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、他のタンパク質の多量体形成や細胞内でのドメインスワッピング、シトクロムcとリポソームの相互作用について調べる。

Causes of Carryover

オープンアクセス誌のPLoS ONEへの掲載決定が2015年2月25日にあり、その掲載料が4月以降になった。また、2015年3月26日に届いたProtein Science誌への掲載料のinvoiceの金額が間違っており、正しい金額でのinvoiceの再発行を出版者に要求したため、Protein Science誌への掲載料の支払いも翌年度になってしまった。

Expenditure Plan for Carryover Budget

PLoS ONE誌及びProtein Science誌への掲載料に用いる。

  • Research Products

    (19 results)

All 2015 2014

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Acknowledgement Compliant: 8 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Rational Design of Heterodimeric Protein Using Domain Swapping for Myoglobin2015

    • Author(s)
      Y.-W. Lin, S. Nagao, M. Zhang, Y. Shomura, Y. Higuchi, S. Hirota,
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 54 Pages: 511-515

    • DOI

      10.1002/anie.201409267

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Change in Structure and Ligand Binding Properties of Hyperstable Cytochrome c555 from Aquifex aeolicus by Domain Swapping2015

    • Author(s)
      M. Yamanaka, S. Nagao, H. Komori, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 24 Pages: 366-375

    • DOI

      10.1002/pro.2627

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Carbon Monoxide Binding Properties of Domain-Swapped Dimeric Myoglobin2015

    • Author(s)
      S. Nagao, H. Ishikawa, T. Yamada, Y. Mizutani, S. Hirota
    • Journal Title

      Journal of Biological Inorganic Chemistry

      Volume: 20 Pages: 523-530

    • DOI

      10.1007/s00775-014-1236-0

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Domain-Swapped Dimer of Pseudomonas aeruginosa Cytochrome c551: Structural Insights into Domain Swapping of Cytochrome c Family Proteins2015

    • Author(s)
      S. Nagao, M. Ueda, H. Osuka, H. Komori, H. Kamikubo, M. Kataoka, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Pages: e0123653

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0123653

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Formation of Domain-Swapped Oligomer of Cytochrome c from Its Molten Globule State Oligomer2014

    • Author(s)
      M. S. Deshpande, P. P. Parui, H. Kamikubo, M. Yamanaka, S. Nagao, H. Komori, M. Kataoka, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 4696-4703

    • DOI

      10.1021/bi500497s

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Self-Oxidation of Cytochrome c at Methionine80 with Molecular Oxygen Induced by Cleavage of the Met-Heme Iron Bond2014

    • Author(s)
      Z. Wang, Y. Ando, A. D. Nugraheni, C. Ren, S. Nagao, S. Hirota
    • Journal Title

      Molecular BioSystems

      Volume: 10 Pages: 3130-3137

    • DOI

      10.1039/C4MB00285G

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] DNA Cleavage by Oxymyoglobin and Cysteine-Introduced Metmyoglobin2014

    • Author(s)
      M. S. Deshpande, S. Junedi, H. Prakash, S. Nagao, M. Yamanaka, S. Hirota
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 50 Pages: 15034-15036

    • DOI

      10.1039/C4CC06617K

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Control of the Transition between Ni-C and Ni-SIa States by the Redox State of the Proximal Fe-S Cluster in the Catalytic Cycle of [NiFe] Hydrogenase2014

    • Author(s)
      H. Tai, K. Nishikawa, M. Suzuki, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 53 Pages: 13817-13820

    • DOI

      10.1002/anie.201408552

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Crystal structure and function of a domain-swapped cytochrome cb562 dimer2015

    • Author(s)
      Takaaki Miyamoto, Mai Kuribayashi, Satoshi Nagao, Yasuhito Shomura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • Organizer
      95th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nihon University (Funabashi)
    • Year and Date
      2015-03-29
  • [Presentation] Construction of high-order domain-swapped oligomers of Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 by hinge loop mutation2015

    • Author(s)
      Chunguang Ren, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Shun Hirota
    • Organizer
      95th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nihon University (Funabashi)
    • Year and Date
      2015-03-29
  • [Presentation] Design and properties of domain-swapped dimeric myoglobin2015

    • Author(s)
      Satoshi Nagao, Ying-Wu Lin, Haruto Ishikawa, Takuya Yamada, Mohan Zhang, Yasuhito Shomura, Yasuhisa Mizutani, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • Organizer
      95th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nihon University (Funabashi)
    • Year and Date
      2015-03-27
  • [Presentation] Formation of domain-swapped oligomer of Hydrogenobacter thermophiles cytochrome c552 in an expression system2015

    • Author(s)
      Yugo Hayashi, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Hirofumi Komori, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
    • Organizer
      95th Spring Conference of the Chemical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nihon University (Funabashi)
    • Year and Date
      2015-03-26
  • [Presentation] 緑膿菌由来シトクロムc551と好熱性水素細菌由来シトクロムc552のキメラタンパク質を用いたヘテロダイマーの構築2015

    • Author(s)
      中西司、山中優、廣田俊
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学(船橋)
    • Year and Date
      2015-03-26
  • [Presentation] ヘムタンパク質の多量化:タンパク質変性と機能化(2)2015

    • Author(s)
      廣田俊
    • Organizer
      分子研研究会「生物無機化学の最先端と今後の展望:金属と生体分子の相互作用機序解明とモデル化および応用への展開」
    • Place of Presentation
      分子科学研究所(岡崎市)
    • Year and Date
      2015-01-06
    • Invited
  • [Presentation] Design and construction of protein supramolecules for anticancer agent and DDS2014

    • Author(s)
      Shun Hirota
    • Organizer
      Medan International Conference on Advanced Pharmaceutical Sciences (MICAPS 2014)
    • Place of Presentation
      Medan (Indonesia)
    • Year and Date
      2014-11-03
    • Invited
  • [Presentation] シトクロム cb562の多量化と二量体構造2014

    • Author(s)
      宮本昂明、栗林麻衣、長尾聡、庄村康人、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-12
  • [Presentation] 生理的条件下でのシトクロムc多量体形成2014

    • Author(s)
      林有吾、中山璃子、長尾聡、山中優、小森博文、樋口芳樹、廣田俊
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-12
  • [Presentation] ドメインスワッピングによるヘムタンパク質の会合2014

    • Author(s)
      廣田俊
    • Organizer
      第24回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都薬科大学(京都市)
    • Year and Date
      2014-06-14
    • Invited
  • [Presentation] ドメインスワッピングを利用したヘムタンパク質の超分子化2014

    • Author(s)
      廣田俊
    • Organizer
      第41回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      九州大学(福岡市)
    • Year and Date
      2014-06-07
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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