2016 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of the imprinted regions based on the entire transcriptome
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26290063
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| Research Institution | Kochi University |
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Principal Investigator |
清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
近藤 伸二 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (30415161)
加藤 英政 愛媛大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (50292123)
栄徳 勝光 高知大学, 教育研究部医療学系連携医学部門, 助教 (50552733)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ゲノム刷り込み / トランスクリプトーム / エピジェネティクス / 幹細胞 / 神経分化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノム刷り込みは母親と父親由来のどちらか片方のみの対立遺伝子が発現する現象（モノアレル発現）である。本申請では神経細胞特異的に刷り込みを受けるゲノム領域の特定を試みるため、in vitroでES細胞を神経細胞へ分化させ、その過程でのRNA-seqによるトランスクリプトーム解析を行った。母親由来と父親由来の染色体を区別する為にMSM/Ms（MSM）とC57BL/6（B6）間の亜種間雑種ES細胞を用いた。ES細胞はMSM（母親）とB6（父親）のF1胚盤胞から作製したES細胞（MB-ES細胞）と、母親と父親の組み合わせを逆にした亜種間雑種ES細胞（BM-ES細胞）の2種類である。更にはMSMとB6間のF1個体の繊維芽細胞からiPS細胞（母親がMSMのものがMB-iPS細胞、母親がB6のものがBM-iPS細胞）を作製し、同様にin vitroで神経細胞へ分化させ、パイロット的に小規模のRNA-seqを行った。配列解析に際しては、非コードRNAや内在性アンチセンス転写も含めた包括的なトランスクリプトーム解析を行った。
非コードRNAと予想される長鎖アンチセンスRNAは転写単位が通常の遺伝子のようにきっちりと同定できない。Ube3a遺伝子座アンチセンスRNAのような非コードRNAのより正確な転写単位同定を試みるために昨年度得たH3K36 トリメチル（発現している遺伝子領域全体のマーク）のChlP- seqのデータをゲノム上にマップし、得た転写開始点解析（TSS-seq）と共に、Ube3a遺伝子座近傍の長鎖非コードアンチセンスRNAの転写開始点やH3K36 トリメチルマークの解析を行った。
作製したiPS細胞を用いてin vitro神経分化系を行ったサンプルで行った予備実験の解析を行ったところ、ES細胞で行った場合と違う転写様式が見られたため、更にRNA-seqを行った。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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