2016 Fiscal Year Annual Research Report
A data-driven approach for analysis of evolutionary origin and diversification of meso- and bathypelagic fishes
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26291083
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| Research Institution | Natural History Museum and Institute, Chiba |
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Principal Investigator |
宮 正樹 千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員 (30250137)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ミトゲノム / 中・深層性魚類 / 次世代シーケンサ / 進化的起源 / 大量データ / 解析パイプライン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，次の5つの課題を並行的に進めてきた．1) ミトゲノム全長配列の大量並列シーケンシング技法の確立；2) 大量データ処理・解析のパイプラインの確立；3) 主要分類群のミトゲノム全長配列の網羅的決定および系統解明；4) 北西太平洋における優占種集団のミトゲノム全長配列の決定および種内集団構造の解明；5) 魚類全体における中・深層性魚類の起源と進化に関する全体像の提示．
初年度は，中・深層性魚類サンプルの網羅的収集を行い，これまでに太平洋を北から南まで縦断する計21測点において，中層トロールにより計1,164個体の魚類を採集した．これらの魚類全個体からDNA抽出を行い，魚類環境DNAで開発したMiFishプライマーを用いたメタバーコーディング解析を行った．その結果，21サンプルから計106種が検出された．このメタバーコーディングの解析技法が確立できたことにより上記4の目標達成が容易になった．また，上記2の大量データ処理・解析のパイプラインをウェブ上に公開した．MiFishメタバーコーディングで得られたシークエンス全体を用いて解析することにより，深海性デメニギス科ヒカリデメニギス属の未記載種2種を発見し，新種として記載し発表した．
上記1のミトゲノム全長配列の大量並列シーケンシング技法の確立については，ロングPCR産物を用意し，それらのロングPCR産物をNexteraXTキットを用いて断片化とインデクスの付加を行うことにより容易にミトゲノム全長配列が得られるようになった．グリーンランド沖で採集された深海魚計192種に対してこの方法を適用してミトゲノム全長配列の決定を試みたところ，ほぼすべての種について全長配列が得られた．
このように，目的の1～3については既に成果を発表しており，４と５についてはデータの収集を終え，データ解析終了後に論文として発表することになる．
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(10 results)
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[Journal Article] Evolutionary affinities of the unfathomable Parabrotulidae: molecular data indicate placement of Parabrotula within the family Bythitidae, Ophidiiformes2017
Author(s)
Campbell, M.A., Nielsen, J.G., Sado, T., Shinzato, C., Kanda, M., Satoh, T.P., & Miya, M.
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Journal Title
Molecular Phylogenetics and Evolution
Volume: 109
Pages: 337-342
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Preservation obscures pelagic deep-sea fish diversity: doubling the number of sole-bearing opisthoproctids and resurrection of the genus Monacoa (Opisthoproctidae, Argentiniformes)2016
Author(s)
Poulsen, J.Y., Sado, T., Hahn, C., Byrkjedal, I., Moku, M. and Miya, M.
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Journal Title
PLOS ONE
Volume: 11
Pages: e0159762
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Use of a filter cartridge for filtration of water samples and extraction of environmental DNA2016
Author(s)
Miya, M., Minamoto, T., Yamanaka, H., Oka, S., Sato, K., Yamamoto, S., Sado, T. & Doi, H.
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Journal Title
Journal of Visualized Experiments
Volume: 117
Pages: e54741
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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