2015 Fiscal Year Annual Research Report
ネギ属バイオリーソースを用いたオミクス統合解析のタマネギ育種への応用
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26292020
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| Research Institution | Yamaguchi University |
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Principal Investigator |
執行 正義 山口大学, 農学部, 教授 (40314827)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
澤田 有司 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (00415176)
伊藤 真一 山口大学, 農学部, 教授 (30243629)
佐藤 修正 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (70370921)
若生 忠幸 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜茶業研究所, 研究員 (70414670)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 機能性代謝物 / 健康機能性 / 植物病害抵抗性 / 単一異種染色体添加系統シリーズ / 倍加半数体 / ネギ類 / トランスクリプトーム解析 / メタボローム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
「【2】F2集団を用いた飽和連鎖地図の構築」：F2集団30個体において, 昨年度行ったRNA-seqデータからSNP情報を整理することにより，約5000のunigeneについて遺伝子型情報を得る事ができ，この情報を基に、染色体数に収束した遺伝子地図を構築することができた．遺伝地図の解像度を上げるために，さらに68個体分のRNA-seqを行い，その配列情報を基に遺伝子型情報の整理を進めている．また，データベースAllium TDBに格納されている両親DH系統のEST配列間に存在するIn/Delを検出し，PCR産物の多型解析を行い，18個に多型があることが確認された．これらのマーカーを，昨年度に作成した43個のSSRマーカーとともにF2集団186個体に展開し，8連鎖群（52マーカー，866.8cM）からなる連鎖地図を作成することができた。現在，両地図の統合を行っている．
「【4】添加系統シリーズの葉鞘部試料を用いたトランスクリプトーム・メタボローム解析」：昨年度、葉鞘部の着色が始まる11月中旬に，系統維持している添加系統シリーズとその両親種から葉鞘部をそれぞれ採取してフリーズドライしたサンプルを用いて非加熱EtOH抽出を行った．
「【5】F2集団を用いたメタボロームQTL解析」：生育中のF2集団が夏期に休眠する時期を見計らって鱗葉球（葉鞘部）と根部を収穫した．当初、これら二つの部位を用いてメタボロームQTL解析を行う予定であったが、植物材料の状態が思わしくなく，根部の材料を確保するのが精一杯であった．
「【7】新規選抜指標による優良個体選抜」：添加系統シリーズと両親種の葉鞘部から得た非加熱EtOH抽出物を用い，現在，DPPHラジカル消去活性の測定を行っている．一方で，添加系統シリーズの盤茎を含む葉鞘部由来サポニンを用いたフザリウム菌に対する増殖抑制活性試験を根部と同様に行っている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
「【2】F2集団を用いた飽和連鎖地図の構築」：100%（理由）F2集団の転写産物のTranscriptome-based genotyping解析より，従来法を凌駕する手法を考案し，予想以上のマーカー数で構成される超高密度染色体地図を短期間に確立できたため。
「【4】添加系統シリーズの葉鞘部試料を用いたトランスクリプトーム・メタボローム解析」：70%（理由）実験は終了しているが，まだ，取りまとめが完了していないため．
「【5】F2集団を用いたメタボロームQTL解析」：50%（理由）植物材料の確保が困難であり，一部の実験ができなかったため。
「【7】新規選抜指標による優良個体選抜」：50%（理由）サンプルの準備と実験系の確立に時間を要してしまったため。
以上より，平成27年度の達成度は約68%となっている。
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| Strategy for Future Research Activity |
【現在までの進捗状況】のところで示したように，二つの小課題において達成度が低くなっている．そこで，それらについて，今後の対応策を以下に示す．
「【5】F2集団を用いたメタボロームQTL解析」：50%（対応策）休眠中に鱗茎球が腐敗する現象が散見され，同部位を用いたメタボロームQTL解析は困難を極めた。今後は，材料調整がより容易な葉新部や根部を使った試料調達に注力したい．
「【7】新規選抜指標による優良個体選抜」：50%（対応策）現在，実験を行っており，次年度の早い段階でデータ解析まで終了させる予定である．
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| Causes of Carryover |
山口大学において，新規選抜指標による優良個体選抜を行う系の確立に手間がかかり，思うように大量解析の系をまわせなかったので，試薬・消耗品代を来年度に向けて確保したため．
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
本年度後半の追い込みで秀逸な実験系が構築され，今後はハイスループット解析を本格的に稼動することが可能となっている．したがって，繰り越した助成金は滞りなく執行できると思われる．
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