2016 Fiscal Year Annual Research Report
Application of integrated omics analyses by using Allium bio-resources to onion breeding
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26292020
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| Research Institution | Yamaguchi University |
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Principal Investigator |
執行 正義 山口大学, 創成科学研究科, 教授 (40314827)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
澤田 有司 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (00415176)
伊藤 真一 山口大学, 創成科学研究科, 教授 (30243629)
佐藤 修正 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (70370921)
若生 忠幸 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門, ネギ属ユニット長 (70414670)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 染色体マーカー / 連鎖地図 / 植物病害抵抗性 / 単一異種染色体添加系統シリーズ / 倍加半数体 / ネギ類 / トランスクリプトーム解析 / メタボローム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
「【2】F2集団を用いた飽和連鎖地図の構築」：シャロットとタマネギのDH系統の掛け合せF2集団について68系統分の解析を追加し，計98系統についてRNA-seqデータを収集した．この情報を基に両DH間のSNPが検出された約4,400のunigeneから得られた遺伝子型情報を用い，昨年度構築した連鎖地図の再確認を行って610のgenotype blockからなる高解像度・高精度の遺伝地図情報を整備した．さらに，シャロットDH由来のDNAを用い，HiSeq2500により250 bp PEで60億リードペアの配列を収集した．これらをアセンブルした結果，200万のコンティグが得られ，総延長がゲノムサイズの約9割に相当する13.5 Mbpとなった．また，SSRやIn/Delマーカーを60種類まで拡充し，前述の連鎖地図情報と統合して小規模研究室でも利用できる染色体情報解析ツールを開発した．
「【6】オミクス統合データベースの構築」：LC/GC-QqQ-MS解析を行い，合計1000種類以上の代謝産物プロファイルを獲得するとともに，LC-QTOF-MS解析を行って639種の化合物候補を検出した．さらに，超分解能なLC-FTICR-MS解析結果をWEB上で閲覧，検索，統計解析が可能なDB（RIKEN HIFI）を確立した。一方で，このDBと転写産物DB（Allium TDB）との連携を深め，ネギ属植物専用の統合オミクスDWの開発に着手している．
「【7】新規選抜指標による優良個体選抜」：添加系統シリーズのオミクス統合解析により，タマネギ乾腐病の抵抗性に関与するサポニン類や生合成遺伝子が明らかとなり，耐病性個体の選抜マーカー候補を得ることができた．一方で，乾腐病菌を接種したシャロットの根を用いてRNA-Seqを行い，病原性菌接種区において数種の病害抵抗性関連遺伝子が得られた．
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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