2014 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム情報に基づくニワトリ・ブタの家禽化・家畜化起源探索と遺伝的分化の解明
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26292139
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
西堀 正英 広島大学, 生物圏科学研究科, 准教授 (80237718)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山本 義雄 広島大学, 生物圏科学研究科, 名誉教授 (10032103)
万年 英之 神戸大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (20263395)
下桐 猛 鹿児島大学, 農学部, 准教授 (40315403)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ゲノム / ニワトリ / ヤケイ / ブタ / イノシシ / 一塩基多型（SNP） / 分子系統樹 / 家畜化・家禽化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ニワトリとブタはヤケイとイノシシがそれぞれ家禽化，家畜化されたものである。その結果，多くの品種が作出され，それらを基に育種改良されてきた。しかしどこで家禽化，家畜化され，どのようなプロセスで品種分化が進んだのか。その解析結果は解析の対象とした遺伝子によって異なる。本申請課題では，ニワトリとブタの近縁野生種，アジア在来集団および改良産業品種を対象に，ミトコンドリアDNAおよび複数のSNPsを用いて大規模に分子系統学的解析を実施した。
本申請課題では，（１）ニワトリとブタSNPs解析システム（DigiTag2）を用いて，ヤケイとニワトリ，イノシシとブタのSNPsタイピングを実施し，分子系統樹を構築した。（２）在来家畜研究会を中心に収集してきたニワトリ（ヤケイ）およびブタ（イノシシ）のSNPsおよびミトゲノム解析を行った。（３）SNPs分子系統樹を保証するためのミトゲノム分子系統樹もあわせて解析を行った。（４）SNPsタイピング結果から，ヤケイとニワトリ，イノシシとブタの各集団解析を実施した。
その結果，１）ニワトリとヤケイの600個体以上のミトゲノム系統樹を構築し，61ハプロタイプを見出し，そのうち３つのハプログループがアフリカの在来鶏の由来であることを明らかにした。それぞれのハプログループが地域的な特徴を有していることが明らかになった。２）イノシシ，ブタでは，その分子系統樹はそれぞれの集団毎に分岐，クレードを形成し，アジアのイノシシと中国由来のブタ，その一方で欧米のブタ集団が位置した。さらにリュウキュウイノシシ（RWB）は分布する島ごとで集団構造が異なった。このRWBはラオス・カンボジア・ブータンのイノシシと近縁ではなかった。さらにRWBは他のブタ・イノシシと遺伝的に遠く, 特徴的な集団構造をとることが明らかになった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
本申請課題では，（１）ニワトリとブタSNPs解析システム（DigiTag2）を用いて，ヤケイとニワトリ，イノシシとブタのSNPsタイピングを実施し，分子系統樹を構築した。とりわけイノシシ・ブタの分子系統樹では約600個体を解析し，欧米商用豚とアジアのイノシシが最も遠い集団となり，両者の中間に東南アジアに生息する在来豚が位置し，つまりこれらはイノシシに欧米豚が交配され在来豚として改良された可能性が示唆された。その1つに沖縄のアグー，アヨーがおり，この分子系統樹を用いて解析すると欧米豚の導入割合がわかることを明らかにできた。
（２）在来家畜研究会を中心に収集してきたニワトリ（ヤケイ）およびブタ（イノシシ）のSNPsおよびミトゲノム解析を行った。SNPを用いることで分子系統樹の精度が向上することを明らかにすることができた。
（３）SNPsタイピング結果から，イノシシとブタの各集団解析を実施した。その結果，沖縄に生息するリュウキュウイノシシ（RWB)が特有の進化と遺伝的集団構造を有していることを明らかにした。一方でニホンイノシシの分子系統樹の位置と集団構造はRWBと大きく異なることが明らかになった。そこで両者の全ゲノムを次世代シークエンサーを使ってリシークエンス解析を行うことができ，現在，詳細な解析を実施している。
以上のことから，当初の計画以上に進展している所以である。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成２７年度中にSNPs情報によりニワトリ（ヤケイ）およびブタ（イノシシ）のSNPsおよびミトゲノムの巨大分子系統樹を構築する。一方で，タイや中国などアジア地域において解析サンプルがない国や地域があり，このような地域のサンプルを収集し，分子系統樹内における遺伝的な位置を明らかにする。とくに，イノシシ・ブタでは，朝鮮半島を経由して日本に渡来したニホンイノシシと，インドシナ半島からベトナム等を経由して琉球列島に由来したことを分子進化学的に明らかにしていく。
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| Causes of Carryover |
次年度使用額（c－d）で，35,151円生じた理由は，消耗品等購入の差額で35,151円相当の消耗品を購入することができなかったためである。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度使用額（c－d）で，35,151円生じた理由は，消耗品等購入の差額で35,151円相当の消耗品を購入することができなかったためであることから，本年度の消耗品に加えて円滑かつ合目的に使用する計画である。
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