2016 Fiscal Year Annual Research Report
チェルノブイリ小児甲状腺がんにおけるDNA修復関連遺伝子群の分子遺伝疫学研究
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26293142
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
光武 範吏 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (50404215)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
サエンコ ウラジミール 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (30343346)
荻 朋男 名古屋大学, 環境医学研究所, 教授 (80508317)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 甲状腺癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、これまでに得られた候補遺伝子群にこだわらず、もう一度最初から網羅的な解析をやり直すこととした。昨年度までに得られた放射線被ばく甲状腺癌症例56例、コントロール（癌症例と同様に汚染地域に住んでいた同年齢の人々、癌の発症なし）55例のエクソーム解析データについて、近年様々な公開データベースが拡充されているので、それらを取り込む形で解析パイプラインの見直しと再解析を行った。具体的には、得られたvariantに機能的なアノテーションを行うため、多数のannovar用のフィルターを導入した。特にタンパク質のアミノ酸置換により、病的変異となるスコアを予測するSHIFTやPolyPhen等のデータベースを中心に用いた。さらにdbSNPの情報や他の健常人エクソームのデータも更新・追加し、全体的なアップデートを行った。また、GATKのdepth of coverageを用いたxhmmによるcopy number variation (CNV)の計算も行った。CNV解析によって欠失がある部分も遺伝子を抽出し、SNVリストに加えた。再解析によって得られたvariantを使い、Gene Ontology Enrichment Analysisを施行したものの、明らかに変異が集積している機能群は得られなかった。
近年の遺伝性疾患のエクソーム解析例でも、約2/3は変異が同定できないことより、全ゲノムシークエンスの必要性を考え、20例の放射線被ばく甲状腺がん症例、10例のコントロールサンプルを用い、全ゲノムシークエンスを行った。全ゲノムシークエンス用にパイプラインを改変し、今後詳細な解析を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
同定された標的遺伝子群は、有意差はあるものの一部の症例にしか見つからず、解析手法の拡充によってもそれはあまり変わらなかった。よって、機能解析には移行せず、もう少し網羅的な解析を加えることとした。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、全ゲノムシークエンスと、さらに様々な機能データベースを取り入れ、機械学習も導入して責任変異を同定していく。
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| Causes of Carryover |
他の研究助成金のサポートも受けたことによる。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
全ゲノムシークエンス等の網羅的解析数の増加を計画している。
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[Journal Article] Genotype Analyses in the Japanese and Belarusian Populations Reveal Independent Effects of rs965513 and rs1867277 but Do Not Support the Role of FOXE1 Polyalanine Tract Length in Conferring Risk for Papillary Thyroid Carcinoma2017
Author(s)
Nikitski AV, Rogounovitch TI, Bychkov A, Takahashi M, Yoshiura KI, Mitsutake N, Kawaguchi T, Matsuse M, Drozd VM, Demidchik Y, Nishihara E, Hirokawa M, Miyauchi A, Rubanovich AV, Matsuda F, Yamashita S, Saenko VA
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Journal Title
Thyroid
Volume: 27
Pages: 224-235
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Targeted Foxe1 Overexpression in Mouse Thyroid Causes the Development of Multinodular Goiter But Does Not Promote Carcinogenesis2016
Author(s)
Nikitski A, Saenko V, Shimamura M, Nakashima M, Matsuse M, Suzuki K, Rogounovitch T, Bogdanova T, Shibusawa N, Yamada M, Nagayama Y, Yamashita S, Mitsutake N
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Journal Title
Endocrinology
Volume: 157
Pages: 2182-2195
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Association between p53-binding protein 1 expression and genomic instability in oncocytic follicular adenoma of the thyroid2016
Author(s)
Mussazhanova Z, Akazawa Y, Matsuda K, Shichijo K, Miura S, Otsubo R, Oikawa M, Yoshiura K, Mitsutake N, Rogounovitch T, Saenko V, Kozykenova Z, Zhetpisbaev B, Shabdarbaeva D, Sayakenov N, Amantayev B, Kondo H, Ito M, Nakashima M
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Journal Title
Endocr J
Volume: 63
Pages: 457-467
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] 甲状腺乳頭癌における分子マーカーによるリスク分類2016
Author(s)
光武範吏, 松瀬美智子, 薮田智範, Vladimir Saenko, 西原永潤, 廣川満良, 宮内 昭, 山下俊一
Organizer
日本甲状腺外科学会学術集会
Place of Presentation
甲府富士屋ホテル（山梨県・甲府市）
Year and Date
2016-10-27 – 2016-10-28
Invited
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[Presentation] Genotype analyses in the Japanese and Belarusian populations reveal independent effects of rs965513 and rs1867277 but do not support the role of FOXE1 polyalanine tract length in conferring risk for papillary thyroid carcinoma2016
Author(s)
ニキツキ アリャクサンドル, サエンコ ウラジミル, ログノビッチ タチアナ,ビチコブ アンドレイ, 高橋めい子, 吉浦孝一郎, 光武範吏, 川口喬久, 松瀬美智子, ドロズド ワレンチナ, デミドチック ユリ, 西原永潤, 廣川満良, 宮内 昭, ルバノビッチ アレクサンドル, 松田文彦, 山下俊一
Organizer
日本内分泌学会学術総会
Place of Presentation
京都国際会議場（京都府・京都市）
Year and Date
2016-04-21 – 2016-04-23
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