2018 Fiscal Year Annual Research Report
The molecular epidemiological study of DNA repair-related genes in post-Chernobyl radiation-induced thyroid cancers
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26293142
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
光武 範吏 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (50404215)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
サエンコ ウラジミール 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 准教授 (30343346)
荻 朋男 名古屋大学, 環境医学研究所, 教授 (80508317)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 甲状腺がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでに、56例のチェルノブイリ放射線誘発小児甲状腺癌症例、55例のコントロール（癌症例と同様に汚染地域に住んでいた同年齢の人々、癌の発症なし）のゲノムDNAを用いたwhole exome sequencing、20例の甲状腺癌症例、10例のコントロールのwhole genome sequencingを行ってきた。本年度も引き続きこれらのシークエンスデータを用い、新しいアノテーションデータベースの利用、新しい構造異常検出ツールの利用を中心に行った。
エクソン以外の部分におけるアノテーションは、これまで同様にannovarソフトウェアでの利用だが、whole exome sequencingデータはほぼ利用できず、whole genome sequencingを行った症例数が少ないため、明らかな責任ローカスを同定することは出来なかった。構造異常ツールは、whole exome sequencingデータではツールによる結果の差が大きく、信頼性は低いと思われた。
これまでに行った研究からは、明らかな責任遺伝子群を同定できているとは言えない状況である。よって、ゲノムDNAと対応する腫瘍部分のサンプルを収集することとし（これは、BRCAのように、腫瘍部分ではDNA修復遺伝子がホモで欠損している可能性があるため）、20例程度を収集することが出来た。しかし、これらは全例ホルマリン固定試料であり、DNAはある程度断片化されているため、今後の使用には注意が必要である。また、以前に収集した症例のデータについて、事故当時の居住地など線量推定のための更新、アップデートを行った。
以上より、本研究課題によってデータベースの充実、解析手法の改良、ある程度の規模のシークエンスデータセットが得られ、今後の研究基盤を確立することが出来た。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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