2016 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of novel diagnostic markers for early detection of pancreatic cancer; application for a low-invasive fluid test
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26293285
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
小寺 泰弘 名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10345879)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
神田 光郎 名古屋大学, 医学部附属病院, 助教 (00644668)
山田 豪 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院講師 (30467287)
藤井 努 名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (60566967)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 低侵襲スクリーング法 / 膵腫瘍 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
膵癌の予後改善のためには浸潤癌に至る前の早期診断が最も重要である。本研究では次世代シーケンサーによる網羅的体細胞変異検索により膵癌の段階的発癌過程新規分子マーカーを同定し、これを高感度遺伝子変異検出技術で臨床検体から検出することがゴールである。膵切除術を施行した膵癌症例の凍結保存検体から、顕微鏡で確認し正常膵管組織、PanIN 2-3、浸潤性膵管癌の組織を採取した。次世代シーケンサーでの解析に適した高品質DNAを抽出し、癌関連の578遺伝子のエクソン領域を網羅的にカバーするSeqCap EZ Choice Library (Roche Applied Science) のComprehensive Cancer Designを用いてライブラリ調整を行い、Illumina Hiseq (Illumina) によるPaired-End法 (100塩基) で塩基配列データを取得した。正常膵管組織では認めず、PanIN 2-3の75%以上で認められ、かつ浸潤性膵管癌でも75%以上に認められる変異を検索した結果、NOTCH2、AFF3、EXT1、IL21R、CDH6の5遺伝子のエクソン内に条件に合致する変異を認めた。臨床検体、とくに膵液やIPMN嚢胞液などでは、抽出されるゲノムDNAのほとんどが正常組織由来であり、病変由来の微量な遺伝子変異を検出するためには、高感度な遺伝子変異解析手法が必須である。そこで、Cast PCR法とdigital HRM法によって、最小で0.1％の変異allele存在率まで検出可能であることを確認した。IPMN嚢胞内容液および腫瘍組織からDNAを抽出し、NOTCH2、AFF3、EXT1、IL21R、CDH6変異をCast PCR法もしくはdigital HRM法で調べたところ、低～中等度異型のIPMNからはいずれの変異も検出されなかった。一方で、高異型度IPMNの67%で、NOTCH2、AFF3、EXT1、IL21R、CDH6の1つ以上の変異を認めた。IPMN腫瘍組織のDNAから同様の変異パターンが確認された。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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