2014 Fiscal Year Research-status Report
ビックデータ型バイロジーの生成とその影響についての科学社会学的研究
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26350359
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
福島 真人 東京大学, 総合文化研究科, 教授 (10202285)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 創薬基盤 / データベース / 知識インフラ / バイオ情報学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究の初年度に当たる今年度は、まず創薬にかかわる、情報系、計算機科学系の一連の分野についての大まかなマップの作成と、創薬へのアプローチの種類、生じている問題点に対して、その比較検討を行った。創薬は、対象となるたんぱく質の構造、機能、シード化合物の化学構造、そしてその両者の相互作用の三つの分野に分かれるが、まずゲノム、たんぱく質側の大量情報の処理について、基礎的な聞き取りを行った。特にここで重要な論点となったのが、情報処理を行う（いわゆるドライ系）と実際に実験を行う（ウェット系）の研究者の間での協力問題である。その両者を同じ研究室で協力させている研究室での、協力体制についての聞き取り、さらにそこでおきうる問題点について確認した。またゲノム情報の解析、集積と対比して、その構造がより複雑なタンパク質についての情報処理についての聞き取りも行ったが、実際、ゲノム情報に比べると、タンパク質関係の情報は複雑で、処理面でも問題があり、またデータベースという観点から言っても、プロテオミックスに代表されるたんぱく質の2次元情報の集積には、いくつかの重要な問題があることが見出された。
さらに、化合物側の情報をどう取り扱うかという点については、特に国際的データベースと、ローカルな個別のデータベースの共存、競合関係という論点が、インタヴューや文献調査から浮上してきた。特に研究所単位で、特定のデータベースを開発する場合、その売りをどうするかというのが興味深い論点になるが、その場合、具体的な化合物と情報をセットにすることで、ある種の利点を打ち出すことが可能になる点が明らかになった。他方現実面では、そうした個性的な化合物を収集、供給することの困難さから、こうしたローカルなデータベースをどう充実させるか、その戦略は困難を伴うことが明らかになった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現時点で、研究の目的はほぼ順調に推移しているといえる。特に創薬の基盤となる、情報論上のインフラ、すなわちシークエンサーによる高速度解析やデータベースの運営にかかわる諸問題については、この研究計画以前の研究段階で作り上げた研究者のネットワーク等が友好に機能して、インタヴュ等が比較的スムースに行われている。他方、スパコン創薬についての情報収集に比べると、プロテオミクス系は活動が拡散しており、やや情報収集が難しい面もあり、それら勘案して、このカテゴリを選んだ。
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| Strategy for Future Research Activity |
この研究の過程で、科学技術社会論（ＳＴＳ）における、インフラストラクチャ論、とりわけ知識インフラについての、一連の議論を参照することになり、その結果、ここで観察される問題が、ある意味でより広い知識インフラ構築にかかわる一連の問題と、かなりの部分共通する側面があることが、現在明らかになりつつある。その意味では、ここで見出される諸問題が、より広い知識インフラの文脈でどのような位置を占めるのかという問題意識から、そちらとの比較可能な形で、問題を再定義し、情報を分析するという方向に多少舵を取ることが、今後の研究の更なる進展には必要と思われる。
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Research Products
(2 results)
