• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2016 Fiscal Year Annual Research Report

Regulation of multiple genes expression for constructing artificial gene expression network in human cells

Research Project

Project/Area Number 26350964
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (90550236)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords遺伝子発現制御 / 転写反応 / RNA / 構造変化 / リボスイッチ / 翻訳反応 / 二次構造 / 四重鎖構造
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、特定の分子に応答したRNAの構造変化に基づき遺伝子の発現を制御できるシステムを構築する。
これまでに、構造変化の前後におけるRNAの熱安定性変化を考慮することで、標的の化合物に応答してTatタンパク質由来のペプチド(Tatペプチド)との結合親和性を向上させるRNAを合理的に設計することに成功した。この研究成果は、転写活性化因子であるTatタンパク質の相互作用を利用した細胞内での転写反応制御システムに活用できると期待される。
また本研究課題では、新生RNAの構造変化を利用した翻訳制御システムについてもその可能性を検討してきた。これまでに、四重鎖構造を形成するRNA配列に重複して、5'側に安定な二次構造を形成する配列が存在していた場合、転写反応直後には準安定な二次構造が優先的に形成されることを明らかにした。本年度は、いくつかの癌遺伝子のmRNAにおいて、このような塩基配列を見出した。さらに癌細胞内での発現量が上昇するtRNAが存在すると、四重鎖構造よりも二次構造の方が安定になり、タンパク質の発現量に影響することを示した(Angew. Chem. Int. Ed., 55, 14315 (2016)) 。この成果は、準安定な二次構造に相互作用する分子を用いて、四重鎖構造の機能を制御可能であることを示している。そこで、RNAの二次構造に特異的に結合するペプチド核酸(PNA)を利用した遺伝子発現制御システムの構築を念頭に、RNA二次構造とPNAとの結合反応を詳細に解析した。その成果として、pHが低い環境で結合速度定数が上昇することでRNAとPNAとの結合親和性が増大することを明らかにした(Phys. Chem. Chem. Phys., 18, 32002 (2016))。また、これらの研究成果を総説としてまとめた(The Chem. Rec., in press)。

  • Research Products

    (12 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Binghamton University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Binghamton University
  • [Journal Article] Conformational Dynamics of mRNA in Gene Expression as New Pharmaceutical Target2017

    • Author(s)
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • Journal Title

      The Chemical Record

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] tRNA Shifts the G-quadruplex-Hairpin Conformational Equilibrium in RNA towards the Hairpin Conformer2016

    • Author(s)
      A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed.

      Volume: 55 Pages: 14315-14319

    • DOI

      10.1002/anie.201605431

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Triplex-forming PNA modified with unnatural nucleobases: the role of protonation entropy in RNA binding2016

    • Author(s)
      T. Endoh, C. Annoni, D. Hnedzko, E. Rozners, and N. Sugimoto
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 18 Pages: 32002-32006

    • DOI

      10.1039/C6CP05013A

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] RNA Conformational Dynamics that Encodes New Dimensional Codes in Central Dogma2017

    • Author(s)
      Tamaki Endoh
    • Organizer
      日本化学会第97回春季年会(2017) 若い世代の特別講演会
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県、横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
    • Invited
  • [Presentation] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix(28): A non-coding tRNA regulates functionaly important G-quadruplex-hairpin conformational equilibria in RNA2017

    • Author(s)
      Ambadas B. Rode, Tamaki Endoh, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      日本化学会第97回春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県、横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (29) : Analysis of structural dynamics of RNA aptamer using high pressure2017

    • Author(s)
      Shuntaro Takahashi, Tamaki Endoh, Ambadas B. Rode, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      日本化学会第97回春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学(神奈川県、横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] Hairpin-G-quadruplex conformational transitionl affects gene expression in cells2016

    • Author(s)
      Tamaki Endoh, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC2016)
    • Place of Presentation
      熊本大学 工学部百周年記念館(熊本県、熊本市)
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel function of tRNA: A regulator of oncogenes expression through switching hairpin-G-quadruplex equilibrium2016

    • Author(s)
      Ambadas B. Rode, Tamaki Endoh, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC2016)
    • Place of Presentation
      熊本大学 工学部百周年記念館(熊本県、熊本市)
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] PNA-RNA三重鎖の速度論的,熱力学的パラメータに対するpHの影響2016

    • Author(s)
      遠藤玉樹, Annoni Chiara, Hnedzko Dziyama, Rozners Eriks, 杉本直己
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂(石川県、金沢市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Co-transcriptional G-quadruplex formation affected by mutually exclusive hairpin2016

    • Author(s)
      T. Endoh, A. Rode, S. Takahashi, Y. Kataoka, M. Kuwahara, N. Sugimoto
    • Organizer
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids (ANNA) 2016
    • Place of Presentation
      National Institute of Chemistry, Ljubljana (Slovenija)
    • Year and Date
      2016-05-18 – 2016-05-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 甲南大学 先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

URL: 

Published: 2018-01-16   Modified: 2022-02-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi