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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of electronic control of hemoprotein function and its application to construct artificial blood substitute

Research Project

Project/Area Number 26410172
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

山本 泰彦  筑波大学, 数理物質系, 教授 (00191453)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywordsヘムタンパク質 / ヘム電子構造 / 配位子結合反応 / 機能調節 / 人工酸素運搬体
Outline of Annual Research Achievements

酸素貯蔵タンパク質であるミオグロビン(Mb)の機能を調節する分子機構を解明するために、補欠分子族であるヘムの電子構造による電子的影響とヘム近傍のアミノ酸による構造化学的影響に着目し、一連の化学修飾ヘムを組込んだ再構成ミオグロビンとアミノ酸を部位特異的に置換したミオグロビン変異体における機能と構造の相関関係を解析した。本研究課題の最終年度は、Mbのポリペプチド鎖のN末端から29番のロイシンをフェニルアラニンに置換したL29F変異体および、L29Fのアミノ酸置換に加えてヒスチジンHis64をグルタミンまたはロイシンに置換したL29F/H64Q変異体、L29F/H64L変異体を用いて解析を行った。これら変異体の機能測定から、ヘム鉄に結合した酸素(O2)とGln64の水素結合は、His64の場合よりも弱いことが実証された。また、Phe29は、電子的な相互作用を通して、ヘム鉄に結合したO2の配位状態を安定化すること、そして、ヘム鉄の酸化反応を抑えることが示された。さらに、このPhe29とO2の電子的な相互作用の強度は、O2と64番アミノ酸の水素結合に依存する、つまり、O2、64番アミノ酸およびPhe29の間での共同的な電子的相互作用の存在が示唆された。
一連の化学修飾ヘムを組み込んでヘム鉄の電子密度を系統的に変化させた試料の機能の測定結果から、ヘム鉄の電子密度を通したMbの機能調節は、L29F、H64QおよびH64Lのアミノ酸置換には依存しないことが明らかとなった。したがって、ヘム電子構造の変化とヘム近傍のアミノ酸置換は、それぞれ独立してMbの機能の調節に関与することが明らかとなった。本研究により、最も基本的なタンパク質の一つであるMbの機能の調節に関わる分子機構の解明に役立つ知見が得られたと共に、Mbの機能を人工酸素運搬体として最適化するための分子設計指針を発見することができた。

  • Research Products

    (19 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Effects of Heme Electronic Structure and Distal Polar Interaction on Functional and Vibrational Properties of Myoglobin2016

    • Author(s)
      Y. Kanai, R. Nishimura, K. Nishiyama, T. Shibata, S. Yanagisawa, T. Ogura, T. Matsuo, S. Hirota, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      Inorganic Chemistry

      Volume: 55 Pages: 1213-1622

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b02520

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ferrous Heme Iron in Deoxy Myoglobin Reconstitutedwith Trifluoromethyl Group-Substituted Heme Cofactors2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Kanai, R. Nishimura, L. Xu, Y. Moritaka, A. Suzuki, S. Neya, M. Nakamura, and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      Inorganic Chemistry

      Volume: 55 Pages: 12128-12136

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.6b01360

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Characterization of the interaction between heme and a parallel G-quadruplexDNA formed from d(TTGAGG)2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Nakayama, Y. Katahira, H. Tai, Y.Moritaka, Y. Nakano, and Y. Yamamoto
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2016.11.005

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Structural Characterization of G-Quadruplex DNAs Formed from Human Telomere-Related Sequences and Their Complexes with Heme2017

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, K. Ochi, T. Shibata, H. Hemmi, and M. Hagihara
    • Organizer
      58th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC)
    • Place of Presentation
      Asilomar Conference Center(California, USA)
    • Year and Date
      2017-03-26 – 2017-03-31
  • [Presentation] DNA塩基配列がヘム-DNA複合体の構造と機能に与える影響2017

    • Author(s)
      片平祐弥,柴田友和, 松井亨, 守橋健二, 渡部明莉, 中尾知美, 柳澤幸子, 小倉尚志, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] 種々のフッ素化ヘムと四重鎖DNA[d(TTAGGG)]4の複合 体の機能と構造2017

    • Author(s)
      篠宮僚介, 片平祐弥, 柴田友和, 小倉尚志, 柳澤幸 子, 中尾知美, 鈴木秋弘, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] ヘムの系統的化学修飾および遠位アミノ酸置換がミオグロビンの機能に与える影響2017

    • Author(s)
      渡邉美帆, 金井佑生, 西村龍, 柴田友和, 松尾貴史, 廣田俊, 柳澤幸子, 小倉尚志, 鈴木秋弘, 根矢三郎, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] デオキシミオグロビンとデオキシ西洋わさびペルオキシダーゼにおけるヘムの電子状態の比較2017

    • Author(s)
      並木孝介, 柴田友和, 鈴木秋弘, 根矢三郎, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の構造解析2017

    • Author(s)
      越智健太郎, 山本泰彦, 柴田友和, 萩原正規, 逸見光
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会(2017)
    • Place of Presentation
      慶応義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] Characterization of Complexes between Hemes and Parallel G-Quadruplex DNAs2016

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, T. Shibata, Y. Katahira, Y. Nakayama, H. Tai, T. Matsui, K. Morihashi, A. Watanabe, T. Nakao, S. Yanagisawa, T. Ogura, A. Suzuki, S. Neya
    • Organizer
      8th Asian Bioligical Inorganic Chemistry Conference(AsBIC 8)
    • Place of Presentation
      The University of Auckland(Auckland, New Zealand)
    • Year and Date
      2016-12-04 – 2016-12-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の構造解析2016

    • Author(s)
      越智健太郎, 柴田友和, 逸見光, 萩原正規, 山本泰彦
    • Organizer
      第55回NMR討論会(2016)
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島県広島市)
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] Structural characterization of catalytic DNAs Composed of Heme and Parallel G-quadruplexes2016

    • Author(s)
      Katahira, T. Shibata, T. Matsui, K. Morihashi, A. Watanabe, T. Nakao, S. Yanagisawa, T. Ogura, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC 2016)
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部百周年記念館(熊本県熊本市)
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effects of DNA Sequence Alteration on Structure of a Complex between Heme and All-Parallel G-Quadruplex2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Nakano, Y. Moritaka, Y. Nakayama, Y. Katahira, H. Tai, and ○Y. Yamamoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC 2016)
    • Place of Presentation
      熊本大学工学部百周年記念館(熊本県熊本市)
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘムと平行型四重鎖DNAの複合体の構造および機能の解析2016

    • Author(s)
      柴田 友和,片平 祐弥,山本 泰彦
    • Organizer
      第17回若手NMR研究会
    • Place of Presentation
      箱根高原ホテル(神奈川県足柄下郡箱根町)
    • Year and Date
      2016-09-10 – 2016-09-12
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の触媒機能測定と構造解析2016

    • Author(s)
      山本 泰彦,片平 祐弥,中山 優作,柴田 友和,渡部 明莉,中尾 知美,柳澤 幸子,小倉 尚志,鈴木 秋弘,根矢 三郎
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Structural and Functional Characterization of Complexes between Heme and G-quadruplex DNAs Formed from Human Telomere-related Sequences2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Katahira, H. Hemmi, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems(ICMRBS2016)
    • Place of Presentation
      京都国際会館(京都府京都市)
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミオグロビンの機能調節におけるヘムの電子構造の変化と遠位アミノ酸変異による影響2016

    • Author(s)
      渡邉美帆,金井佑生,西村龍,柴田友和,松尾貴史,廣田俊,鈴木明弘,根矢三郎,山本泰彦
    • Organizer
      第43回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念学術交流館(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-06-24 – 2016-06-25
  • [Presentation] ヘムの化学修飾がメトアジドミオグロビンのスピン平衡に与える影響2016

    • Author(s)
      並木孝介,柴田友和,根矢三郎,鈴木明弘,山本泰彦
    • Organizer
      第26回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-06-17 – 2016-06-18
  • [Remarks] http://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/

URL: 

Published: 2018-01-16  

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