2016 Fiscal Year Annual Research Report
High-throughput sequencing method of the KIR haplotype for clinical applications
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26430195
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, 総合遺伝研究系, 教授 (00192500) [Withdrawn]
椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | HLA / KIR / 同種造血幹細胞移植 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は同種造血幹細胞移植成績向上を目指し、次世代シーケンサーによる網羅的なHLAならびにKIR領域のリシーケンス法を確立することを目的とした。34のHLA遺伝子、17のKIR遺伝子の全長をカバーするオリゴプローブをカスタムデザインし、シーケンスキャプチャー法による網羅的な解析手法を確立した。また、得られたデータ解析手法として、1) IMGT/HLAデータベースに基づくHLAタイピング、2)コピー数多型および構造多型検出によるHLAハプロタイプ構造解析、3)網羅的一塩基置換(SNV)および挿入欠失(Indel)検出、の異なる3種類の手法による解析法を確立した。さい帯血移植ペア882検体のシーケンス解析の結果、全ての検体において97.2%以上のシーケンスリードがヒトゲノム標準配列にアライメントされ、その平均リードdepthは84.5x、平均して94.5%の領域が少なくとも10リード以上でカバーされていた。HLA領域における検出された1検体あたりの平均SNVならびにIndel数は4720.6ならびに261.2ヶ所であった。全検体では17,575のSNVと1,322のIndelが認められ、これらのSNVの81.7%、Indelの89.6%は遺伝子領域、さらにこのうちのそれぞれ10.2%および3.4%がエクソン領域の多型・変異であり、SNVの69.9%がアミノ酸の違いを伴うミスセンスおよびナンセンス変異であった。本シーケンスから得られた多くの多型変異のうち、多数のアミノ酸置換を伴うSNVが認められたが、これらのアミノ酸置換のうち、184ヶ所はdbSNPデータベースに登録の無い、新規のSNVであった。これら新規のSNVも含め、同種造血幹細胞移植成績との関連を精査した。
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Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Identification of an HLA class I allele closely involved in the auto-antigen presentation in acquired aplastic anemia.2017
Author(s)
Zaimoku Y, Takamatsu H, Hosomichi K, Ozawa T, Nakagawa N, Imi T, Maruyama H, Katagiri T, Kishi H, Tajima A, Muraguchi A, Kashiwase K, Nakao S.
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Journal Title
Blood.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Comprehensive genetic exploration of selective tooth agenesis of mandibular incisors by exome sequencing.2017
Author(s)
Yamaguchi T, Hosomichi K, Yano K, Kim Y, Nakaoka H, Kimura R, Otsuka H, Nonaka N, Haga S, Takahashi M, Shirota T, Kikkawa Y, Yamada A, Kamijo R, Park SB, Nakamura M, Maki K, Inoue I.
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Journal Title
Hum Genome Var.
Volume: 4
Pages: 17005
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Rapid and cost-effective high-throughput sequencing for identification of germline mutations of BRCA1 and BRCA2.2017
Author(s)
Ahmadloo S, Nakaoka H, Hayano T, Hosomichi K, You H, Utsuno E, Sangai T, Nishimura M, Matsushita K, Hata A, Nomura F, Inoue I.
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Journal Title
J Hum Genet.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Comprehensive microbiome analysis of tonsillar crypts in IgA nephropathy.2017
Author(s)
Watanabe H, Goto S, Mori H, Higashi K, Hosomichi K, Aizawa N, Takahashi N, Tsuchida M, Suzuki Y, Yamada T, Horii A, Inoue I, Kurokawa K, Narita I.
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Journal Title
Nephrol Dial Transplant.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
Peer Reviewed
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[Journal Article] A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.2017
Author(s)
Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, Jinam TA, Hosomichi K, Saso A, Suwa G, Ueda S, Yoneda M, Tajima A, Shinoda KI, Inoue I, Saitou N.
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Journal Title
J Hum Genet.
Volume: 62
Pages: 213-221
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Comprehensive genetic testing approach for major inherited kidney diseases, using next-generation sequencing with a custom panel.2017
Author(s)
Mori T, Hosomichi K, Chiga M, Mandai S, Nakaoka H, Sohara E, Okado T, Rai T, Sasaki S, Inoue I, Uchida S.
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Journal Title
Clin Exp Nephrol.
Volume: 21
Pages: 63-75
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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