2016 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of genetic variation in repetitive and non-reference genomic regions
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26430196
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
藤本 明洋 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (30525853)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 第３世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者らは、既に日本人108人の全ゲノムシークエンスデータより、解析困難な領域を抽出した（解析困難な領域は、ヒト標準ゲノム配列に存在しない配列と多様性が極めて高い領域より選出した）。それらの配列を濃縮するためのアレイ（解析困難領域アレイ）を作成した。また、日本人108人の解析困難領域を濃縮しPacBio RSを用いてシークエンスを行った。現在は、PacBio RSのデータ解析を行っている。
解析困難領域は、国際ヒトゲノム計画で用いられたヒトのサンプルで欠失していた領域が大部分であると推測され、個人差が大きな領域であることが期待される。そのため、祖先型の推定が集団遺伝学的解析を行うために重要である。
本申請で利用を希望する類人猿のゲノムDNAを用いて祖先型の推定するために、以下の実験を行った。解析困難領域アレイを用いてヒトの解析困難領域に相同性の高い類人猿ゲノム配列を濃縮しPacBio RSを用いてシークエンスを行った。PacBio RSのデータはシークエンス長が長いものの、エラー率が極めて高い。そのため、エラーの補正のため濃縮された配列を第２世代のシークエンサーでシークエンスを行った。
引き続き、第２世代のシークエンサーのデータをPacBioシークエンサーのリード配列に対してマッピングを行い、エラーを補正する手法の開発を行った。SRiMP2ソフトウエアを採用し、様々なマッピングパタメーターを試し、マッピングの偽陽性率と偽陰性率が低いマッピングパタメーターを見出した。さらに、マッピングされたリード配列よりコンセンサス配列を求めるプログラムを作成した。この手法を日本人サンプルのデータに適用し、解析困難領域の配列を同定した。集団遺伝学的解析を行っている。
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[Journal Article] Whole genome sequencing discriminate hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multicentric tumors.2017
Author(s)
Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Goto K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, Nakagawa H
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Journal Title
J Hepatic.
Volume: 66
Pages: 363-373
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Mutational signatures associated with tobacco smoking in human cancer.2016
Author(s)
Alexandrov LB, Ju YS, Haase K, Van Loo P, Martincorena I, Nik-Zainal S, Totoki Y, Fujimoto A, Nakagawa H, Shibata T, Campbell PJ, Vineis P, Phillips DH, Stratton MR.
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Journal Title
Science
Volume: 354
Pages: 618-622
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer.2016
Author(s)
Fujimoto A, Furuta M , Totoki Y, Tsunoda T, Kato M, ....., Chayama K, Miyano S, Aburatani H, Shibata T, and Nakagawa H.
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Journal Title
Nat Genet
Volume: 48
Pages: 500-509
DOI
Peer Reviewed
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