TSS-seqによる放線菌プロモーターのコレクション

2014 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26430201
• Research Institution: National Institute of Infectious Diseases
• Principal Investigator: 石川 淳 国立感染症研究所, 真菌部, 室長 (40202957)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 星野 泰隆 国立感染症研究所, 真菌部, 主任研究官 (40399457)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 転写開始点 / ゲノム

Outline of Annual Research Achievements

放線菌のTSS-seqを行うために、ストレプトマイシン生産菌Streptomyces griseus ISP 5236のから高品質のmRNAを調製する方法を検討した。Total RNAからrRNAを除くために、Terminator 5'-Phosphate-Dependent Exonucleaseで処理したRNAを用いてライブラリーを作製し、予試験的にシークエンシングを行ったが、rRNA除去が十分とは言えない結果であったため、次年度はハイブリダイゼーションベースのrRNA除去法を試みる予定である。得られたリードのマッピング結果に関しては、5'末端のマッピング位置の変動が大きく、その原因がサンプル調製によるものなのか、放線菌のTSSが大腸菌などのモデル生物に比べて厳密でないのかは次年度の解析で明らかにしたい。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

使用を予定していたTobacco Acid Pyrophosphataseの単体販売が中止となり、代替法の調査に時間がかかったため。

Strategy for Future Research Activity

ハイブリダイゼーションベースのrRNA除去法（RiboZero等）により、rRNAをより完全に除去する。Tobacco Acid Pyrophosphataseの単体販売が中止となったため、これを含むキットで代替できるかを試す。

Causes of Carryover

平成26年度分についてはほぼ使用済みであるが、年度末納品等にかかる支払いが平成27年4月1日以降となったため、当該支出分については次年度の実支出額に計上する予定である。

Expenditure Plan for Carryover Budget

上記の通り。