2015 Fiscal Year Research-status Report
TSS-seqによる放線菌プロモーターのコレクション
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26430201
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
石川 淳 国立感染症研究所, 真菌部, 室長 (40202957)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星野 泰隆 国立感染症研究所, 真菌部, 主任研究官 (40399457)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 転写開始点 / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
放線菌のTSS-seqを行うために、ストレプトマイシン生産菌Streptomyces griseus ISP 5236を8時間、18時間あるいは24時間培養してtotal RNAを調製し、各々2μgからRibo-Zero rRNA Removal Kitを用いてrRNAを除き、GeneRacer Kitとランダムプライマーを組み合わせてライブラリーを作製した後、Illumina HiSeqでシークエンスした。得られたリードをRNAアダプターを除いた後にbowtieを用いてリファレンス配列にマッピングした。
まずrRNA除去に関しては、前年度に用いたTerminator 5'-Phosphate-Dependent Exonuclease（TPE）による方法に比べ劇的に改善された。しかしながら、得られたリードの多様性に関してはTPEによる方法に劣っていた。この結果は、Ribo-Zeroで一度に処理できるRNA量が2μgと少なかったためと考えられるため、TPE処理後のtotal RNAをRibo-Zeroで処理する方法を試みる予定である。
一方、得られたリードがマッピングされた位置と近隣の遺伝子位置との関係から、プロモーターを含むと考えられる配列（5'-UTR）を少なくとも22種類得たが、それらの間に部分的な共通性が散見されるものの、明らかな共通性は見出されなかった。
次年度では、5'-UTRの数をさらに増やす予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
rRNA除去法の変更で、ライブラリー作製に供するRNAが少なくなったために、得られたリードの多様性が低くなり、十分な量のデータが得られなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
ハイブリダイゼーションベースのrRNA除去法（Ribo-Zero）によりrRNA除去効率が上がったものの、一度に処理できるRNAが少ないために、最終的に得られたリードの多様性が低下したので、Terminator 5'-Phosphate-Dependent Exonuclease処理したRNAをRibo-Zero処理することで、ライブラリー作製に供するRNAを増やす。
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| Causes of Carryover |
年度末納品等にかかる支払いが平成28年4月1日以降となったため、当該支出分については次年度の実支出額に計上予定。平成27年度分についてはほぼ使用済みである。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
上記のとおり。
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Research Products
(1 results)
