2016 Fiscal Year Annual Research Report
Identification and collection of actinomycete promoter sequences by TSS-seq
| Project/Area Number |
26430201
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
|---|
Principal Investigator |
石川 淳 国立感染症研究所, 真菌部, 室長 (40202957)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星野 泰隆 国立感染症研究所, 真菌部, 主任研究官 (40399457)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | 転写開始点 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シークエンシングにより得た217,255,686リードから、5'末端アダプター配列を含みかつアダプターの下流に30塩基以上を持つリードを選別することにより、46,457,392リードのRNA 5'末端配列を得た。それらをbowtie2によりリファレンス配列にマッピングした後、coverageが5以上を判定基準とし、3,220箇所の転写開始点（TSS）を見出した。
まずはじめに、TSSの上流50塩基（-50～-1）を抽出し、アラインメントして最尤法による系統関係を調べたが、特徴的な領域あるいは配列は見出されなかった。
次に、同じく上流50塩基領域における任意の6-merの分布を調べ、当該領域中に5回以上出現し、その出現場所のバラつき（SD）が5以下のk-merが79個抽出した結果、-10周辺に偏って存在するk-merが多数見出されたほか、さらに上流に偏って存在する配列も少数ながら見出された。これらの多くは大腸菌等で知られている-10と-35配列に相当すると考えられるが、-45近辺に見出されたものは新規なプロモーター関連配列の可能性が示唆された。
|
Research Products
(1 results)
