2017 Fiscal Year Annual Research Report
Building Comparative Genome Database for Invertebrate Species
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26440193
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
遠藤 俊徳 北海道大学, 情報科学研究科, 教授 (00323692)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 比較プロテオーム / 生物系統進化 / コア遺伝子群 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
多種生物にまたがる比較オミックス統合データベースの開発を目指し、過去にバイオインフォマティクス推進事業の支援を得て構築したホヤ統合プロテインデータベースCIPROのデータ解析スキームを飛躍的に発展させるため、公共データバンクにて公開されている314種の動物ゲノムデータをベースとして系統準備を行い、ゲノム決定された種を含む全動物門を横断する形にプロテオームデータの整備を進めた。生物ゲノムに含まれる遺伝子セットをゲノムスペクトルとし、真核生物について門、綱、目、科、属の各系統分類において、共通に存在する遺伝子群を整理した(http://phylomix.ibio.jp/web/)。これに先立ち、生物種名から系統・一般名（英語・日本語）・形態を把握できるようにするための辞書を整備、それぞれが持つ遺伝子統計量を一覧化した(http://phylomix.ibio.jp/web/genome_master/tab/2)。また、同一配列を持つ遺伝子群のリストを整備した(http://phylomix.ibio.jp/web/spectra/level/identical_seq)。全生物系統に共通して存在する遺伝子は1,908で、ほぼ全てが基本生命維持機能のコア遺伝子群であった。系統固有の遺伝子は系統分類群ごとに同定された。また、植物には見られず、動物系統のみに共通して存在する1,299の遺伝子群を特定した。多くはミトコンドリアに関係する遺伝子であった。このほか脊椎動物系統のみ不在の遺伝子など、生物進化過程を解明する重要な手掛かりが得られたと考えている。これらの結果について論文投稿準備中である。
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