2014 Fiscal Year Research-status Report
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26440202
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
長田 直樹 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教 (70416270)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 分子進化 / 集団遺伝 / 共進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は補完的分子進化に関する文献調査と解析方法の評価を中心に研究を行った．研究の歴史について整理を行い，広義の補完的分子進化が遺伝子コード領域での塩基挿入や欠失などによって起こるリバータントを含むことを示した．このシステムは補完的進化システムがどのようなプロセスを経て起こっているかを知るのに重要なモデルとなりうるだろう．また，補完的分子進化の結果であるタンパク質中のアミノ酸の共進化データを用いて，補完的分子進化がどのような経路を通って進化を進めていくかを検証する方法を考案した．これらのアイデアを次年度以降発展させ，実際のデータを用いて証明を勧めたいと考えている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究計画では，本年度は主に残りの年度に実証を行うための文献調査と予備解析を行うことになっていた．したがって研究計画は概ね予定通り進んでいると言える．
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| Strategy for Future Research Activity |
平成27年度は二点の研究を進めようと考えている．一つは特定のタンパク質の立体構造データと進化情報を用い，アミノ酸共進化のパターンから機能的に重要な遺伝子領域を見つけ，疾患の原因になる変異との関係を見ることである．逆に，共進化パターンを無視することによって，アミノ酸置換データから機能を推定することによる弊害について検証を行う．二点目に，マンテマ属の植物をサンプリングし，RNA-seqによって得られた断片配列を用いてアセンブルを行い，トランスクリプトーム配列を得る．このデータはその後，ミトコンドリアでの突然変異率が急激に高くなった系統での，ミトコンドリア酵素複合体内での核ゲノムとミトコンドリアゲノムとの共進化を検出するために用いる予定である．
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| Causes of Carryover |
研究計画当初は解析用コンピュータを購入しようと考えていたが，計算機リソースが本年度は十分間に合ったために，次年度以降に持ち越すこととした．
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
実験解析に用いる試薬が値上がりしたために，配列解析の費用が次年度以降は上がると考えられるために，それを補助する目的で使用する．
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