2016 Fiscal Year Annual Research Report
Development of a qualitative method for identifying species of the diatom genus Skeletonema and elucidation of the physiological and ecological characteristics of each species
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26450248
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| Research Institution | Fukuoka Women's University |
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Principal Investigator |
山田 真知子 福岡女子大学, 国際文理学部, 教授 (30438303)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
片野 俊也 東京海洋大学, 学術研究院, 准教授 (00509820)
大坪 繭子 福岡女子大学, 国際文理学部, 助手 (70336965)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | Skeletonema属各種 / リアルタイムPCR法 / プライマー / 定量 / 同定 / 安価 / 簡便 / rDNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
海産珪藻類Skeletonema属は，基礎生産者として海洋生態系を支る重要な植物プランク トンである。このSkeletonema属は2005・'07年にSarno et al.によって微細形態観察と rDNA解析を用いた分類基準が報告されたが，この方法は同定前に細胞を単離培養する手間がかかり，さらに同定に当たっては高額な試薬や機器を使用し，定量的ではない。このため，これらの課題を解決する方法として，Real-time PCRを利用したSkeletonema 属各種同定法の開発を試みた。Real-time PCRはRoche社のLight Cycler 480を用い，定量には蛍光物質としてSYBR GreenIを用いるインターカレーション法を採用した。プライマーは,日本では出現記録のない2種を除いた Skeletonema属9種についてrDNA のLSUやSSUの塩基配列を特異的に増幅させるプライマーペアを設計し使用した。Real-time PCRでは絶対定量法を用い，同定されたSkeletonema属各種のDNA量の割合を求め，光学顕微鏡観察から得たサンプル中のSkeletonema属総細胞密度とこれらの割合から各種の細胞密度を算出した。海水サンプルはWhatman Nuclepore2.0μmで濾過を行い，このフィルター上の残渣からExtraction Bufferを用いてDNAを抽出した。底泥サンプルでは，ISOIL for Beads Beating (NIPPON GENE)を用いてDNAを抽出した。有明海と筑後川河口域の海水と底泥サンプルを用いて両方法を比較検討した結果，Real-time PCR法では優占種に加え単離培養法では確認できなかった種類も同定できた。Skeletonema属の同定法として，Real-time PCR法は，汎用されることが今後に見込れる。
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Research Products
(6 results)
