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2014 Fiscal Year Research-status Report

筋萎縮・肥大関連遺伝子発現を次世代シークエンサー(RNA-Seq)で解析する

Research Project

Project/Area Number 26450390
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

池内 義秀  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (90168112)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 水野谷 航  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 助教 (20404056)
澤野 祥子  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 特別研究員(RPD) (60403979)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords筋萎縮 / 筋肥大 / トランスクリプトーム / RNA-Seq
Outline of Annual Research Achievements

骨格筋は不活動により速やかに萎縮するが、その詳しいメカニズムは未だに不明である。不活動の実験的モデルとして除神経やアキレス腱切除が用いられる。一方、低栄養状態においても筋重量は減少し、タンパク質の制限は明確な筋重量の低下を誘導することが報告されている。本実験では筋萎縮で発現変動する遺伝子の網羅的解析の前段階として、除神経、腱切除、低タンパク質食を施したマウスの筋萎縮関連遺伝子の発現変化を比較することを目的として、以下の実験を行った。10週齢の雄性C57BL/6Jマウスを用いて実験を行った。予備飼育後に坐骨神経切除、アキレス腱切除、5%低タンパク質食(対照食は20%タンパク質)の処理を施した。処理後0,7,14日後に後肢の骨格筋(ヒラメ筋、腓腹筋、足底筋、長趾伸筋、前脛骨筋)を摘出し、筋重量を測定した。ヒラメ筋からRNAを抽出し逆転写を行い、Real-time PCRに供して筋萎縮関連遺伝子であるMuRF1, Atrogin-1およびHDAC4の発現量を測定した。
除神経処理後7日目にHDAC4の発現量が有意に上昇した。腱切除後7日目ではMuRF1発現量の有意な上昇が見られた。低タンパク質食群では摂取14日目にAtrogin-1の発現の有意な上昇が見られた。低タンパク質食群では筋重量は低下しなかったが、筋萎縮関連遺伝子の発現量は増加していることがわかった。除神経群、腱切除群、低タンパク質食群においてそれぞれ異なる筋萎縮関連遺伝子の発現上昇が見られたという結果から、筋萎縮という同じ現象でも、筋細胞内では異なる制御系あるいはシグナル経路を通じて筋萎縮が誘導されることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究と並行して核内受容体PPARδアゴニスト投与により発現変動するマウス骨格筋遺伝子をトランスクリプトーム解析RNA-Seqを用いて網羅的に解析することに成功したことから、本研究を推進するための重要な研究基盤の一つであるRNA-Seq解析法を修得できたものと考える。
RNA-Seqの解析に向けて、種々の筋萎縮誘導処理後の筋萎縮マーカー遺伝子の発現変動を明らかにした。この結果から、RNA-Seqに供する除神経後の最適な時間を見つけることができた。また、このとき萎縮し、重量が減った骨格筋でも、解析に要する量の高品質なRNAを抽出できることを見いだしている。さらにAPOBEC2欠損マウスも繁殖を進め解析に必要な数まで増やすことができた。RNA-Seqに向けて事前の準備がおおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

バイオアナライザーを用いてRNAの品質チェックを行い(RIN 8.0以上)、TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit (イルミナ社)で処理後、次世代シークエンサーでシーケンスを行う。得られたデータは、バイオインフォマティクスの手法を使って解析する。
このRNA-Seq解析により筋萎縮前後に発現している全遺伝子の種類と発現量を網羅的に解析するとともに筋肉特性変化と筋組織の遺伝子発現の関連性を明らかにする。また、正常およびAPOBEC2欠損マウス間での発現プロファイルの違いから、APOBEC2の機能(特にオートファジー、筋分化との関連)を推定する。さらに筋萎縮・肥大に関連する未知の遺伝子も探索する。
C2C12細胞株を使った未知遺伝子のsiRNA実験を行う。本実験は筋萎縮前後で発現変動が最も高かった遺伝子から実施する。筋分化マーカーMyoD, Myogenin, Myosin Heavy Chainの遺伝子及びタンパク質発現をそれぞれRT-PCRとウェスタンブロッティングで調べる。極めて顕著な効果が認められた遺伝子についてはその機能解析を行う。

  • Research Products

    (19 results)

All 2015 2014

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (14 results)

  • [Journal Article] Protocol for rat single muscle-fiber isolation and culture2015

    • Author(s)
      Yusuke Komiya, Judy E. Anderson, Mariko Akahoshi, Mako Nakamura, Ryuichi Tatsumi, Yoshihide Ikeuchi, Wataru Mizunoya
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 482 Pages: 22-24

    • DOI

      10.1016/j.ab.2015.03.034

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Implication of anti-inflammatory macrophages in regenerative moto-neuritogenesis: promotion of myoblast migration and neural chemorepellent semaphorin 3A expression in injured muscle.2014

    • Author(s)
      Sakaguchi, S.,* Shono, J.-I.,* Suzuki, T.,* Sawano, S., Anderson, J. E. Do, M.-K. Q., Mizunoya, W., Sato, Y., Nakamura, M., Furuse, M., Yamada, K., Ikeuchi, Y., and Tatsumi, R. * equal contributors
    • Journal Title

      International Journal of Biochemistry and Cell Biology

      Volume: 54 Pages: 272-285

    • DOI

      10.1016/j.biocel.2014.05.032.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Supplementary immunocytochemistry of hepatocyte growth factor production in activated macrophages early in muscle regeneration.2014

    • Author(s)
      Sawano, S., Suzuki, T., Do, M.-K. Q., Ohtsubo, H., Mizunoya, W., Ikeuchi, Y., and Tatsumi, R.
    • Journal Title

      Animal Science Journal

      Volume: 85 Pages: 994-1000

    • DOI

      10.1111/asj.12264.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 筋幹細胞が分泌するSema3Aによる筋線維型自律制御機構2014

    • Author(s)
      鈴木 貴弘, 大屋 雄暉, 尾嶋 孝一, 大坪 秀明, 小宮 佑介, 水野谷 航, 中村 真子, 池内 義秀, 古瀬 充宏, 辰巳 隆一
    • Journal Title

      栄養生理研究会報(家畜栄養生理研究会)

      Volume: 58 Pages: 19-25

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The growth-promoting activity of egg white proteins in the C2C12 myoblast cell line2014

    • Author(s)
      Wataru Mizunoya, Ayumi Tashima, Yusuke Sato, Ryuichi Tatsumi, Yoshihide Ikeuchi
    • Journal Title

      Animal Science Journal

      Volume: 86 Pages: 194-199

    • DOI

      10.1111/asj.12257

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 筋芽細胞の増殖時・分化時におけるSema3AとPax7発現の相互作用2015

    • Author(s)
      木 蘭, 尾嶋孝一, 中村真子, 水野谷航, 辰巳隆一, 池内義秀
    • Organizer
      第119回日本畜産学会大会
    • Place of Presentation
      宇都宮大学
    • Year and Date
      2015-03-27 – 2015-03-30
  • [Presentation] Sema3A ligand secreted from satellite cells promotes aneural nAChR clustering2015

    • Author(s)
      ド マイコイ, 水野谷航, 尾嶋孝一, 中村真子, 池内義秀, 辰巳隆一
    • Organizer
      第119回日本畜産学会大会
    • Place of Presentation
      宇都宮大学
    • Year and Date
      2015-03-27 – 2015-03-30
  • [Presentation] 筋幹細胞特異的 Sema3A cKO マウスの解析2015

    • Author(s)
      鈴木貴弘, 西松伸一郎, 寺田久美子, 片瀬直樹, 濃野 勉, 水野谷航, 池内義秀, 辰巳隆一
    • Organizer
      第119回日本畜産学会大会
    • Place of Presentation
      宇都宮大学
    • Year and Date
      2015-03-27 – 2015-03-30
  • [Presentation] 遅筋は速筋に比べ脂肪酸取込および脂肪合成能に優れる2015

    • Author(s)
      小宮佑介, 澤野祥子, 田嶋悠璃, Johan Rung, 辰巳隆一, 中村真子, 池内義秀, 水野谷航
    • Organizer
      第119回日本畜産学会大会
    • Place of Presentation
      宇都宮大学
    • Year and Date
      2015-03-27 – 2015-03-30
  • [Presentation] PPARδアゴニスト投与によってマウス骨格筋で発現変動する遺伝子の網羅的解析2015

    • Author(s)
      田嶋悠璃, Johan Rung, 澤野祥子, 小宮佑介, 中村真子, 辰巳隆一,池内義秀
    • Organizer
      第119回日本畜産学会大会
    • Place of Presentation
      宇都宮大学
    • Year and Date
      2015-03-27 – 2015-03-30
  • [Presentation] 1切片上で筋線維タイプを同時に識別する“ステンドグラス染色法”の開発2014

    • Author(s)
      澤野祥子, 小宮佑介, 中村真子, 辰巳隆一, 池内義秀, 水野谷航
    • Organizer
      第37回(平成26年度)日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] 筋幹細胞由来の分泌性因子Sema3Aによる筋線維型自律制御機構2014

    • Author(s)
      鈴木貴弘, 大屋雄暉, 澤野祥子, 大坪秀明, 水野谷航, 中村真子, 池内義秀, 辰巳隆一
    • Organizer
      第37回(平成26年度)日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] Anti-inflammatory macrophages implicate in regenerative moto-neuritogenesis, by promoting myoblast migration and Sema3A expression.2014

    • Author(s)
      Sakaguchi, S.,* Shono, J.,* Suzuki, T.,* Sawano, S., Anderson, J.E., Do, M.-K.Q., Ohtsubo, H., Mizunoya, W., Nakamura, M., Furuse, M., Ikeuchi, Y., and Tatsumi, R. (*equal contributors)
    • Organizer
      Animal Science Congress 2014 of the Asian-Australian Association of Animal Production Societies
    • Place of Presentation
      Universitas Gadjah Mada (UGM),Indonesia
    • Year and Date
      2014-11-10 – 2014-11-14
  • [Presentation] Functional interaction between Sema3A and Pax7 in proliferation and differentiation of myoblasts.2014

    • Author(s)
      Mulan, Nakamura, M., Suzuki, T., Mizunoya, W., Ojima, K., Tatsumi, R. and Ikeuchi, Y.
    • Organizer
      International Symposium on Agriculture, Forestry, Environment and Life Sciences in Asia, 2014 (AFELiSA'14)
    • Place of Presentation
      Ladena Condominium, Korea
    • Year and Date
      2014-10-28 – 2014-10-31
  • [Presentation] M2 macrophages may implicate in regenerative moto-neuritogenesis, by promoting myoblast migration and Sema3A expression.2014

    • Author(s)
      Tatsumi, R.,* Sakaguchi, S.,* Shono, J.,* Suzuki, T.,* Sawano, S., Anderson, J.E., Do, M.-K.Q., Ohtsubo, H., Mizunoya, W., Nakamura, M., Furuse, M., and Ikeuchi, Y. (*equal contributors)
    • Organizer
      2014 FASEB Science Research Conference on “Skeletal Muscle Satellite and Stem Cells”
    • Place of Presentation
      Steamboat Springs, CO, USA
    • Year and Date
      2014-07-20 – 2014-07-25
  • [Presentation] APOBEC2 deficiency up-regulates myoblast differentiation.2014

    • Author(s)
      Ohtsubo, H., Sato, Y., Suzuki, T., Mizunoya, W., Nakamura, M., Tatsumi, R., and Ikeuchi, Y.
    • Organizer
      2014 FASEB Science Research Conference on “Skeletal Muscle Satellite and Stem Cells”
    • Place of Presentation
      Steamboat Springs, CO, USA
    • Year and Date
      2014-07-20 – 2014-07-25
  • [Presentation] Sema3A secreted from satellite cells promotes slow-twitch fiber generation.2014

    • Author(s)
      Suzuki, T., Ohya, Y., Ojima, K., Mizunoya, W., Sawano, S., Ohtsubo, H., Nishimatsu, S., Anderson, J. E., Do, M.-K. Q., Nakamura, M., Furuse, M., Ikeuchi, Y., Nohno, T., and Tatsumi, R.
    • Organizer
      2014 FASEB Science Research Conference on “Skeletal Muscle Satellite and Stem Cells”
    • Place of Presentation
      Steamboat Springs, CO, USA
    • Year and Date
      2014-07-20 – 2014-07-25
  • [Presentation] ヤマブシタケは骨格筋の核内受容体PPARδを活性化する2014

    • Author(s)
      水野谷航, 石井もも子, 清水邦義, 永田敏郎, 平木絵里, 中村俊哉, 中村真子, 辰巳隆一, 池内義秀
    • Organizer
      第68回日本栄養・食糧学会大会
    • Place of Presentation
      酪農学園大学
    • Year and Date
      2014-06-01 – 2014-06-01
  • [Presentation] 筋幹細胞が分泌するSema3Aによる筋線維型自律制御機構2014

    • Author(s)
      鈴木貴弘, 大屋雄暉, 尾嶋孝一, 大坪秀明, 小宮佑介, 水野谷航, 中村真子, 池内義秀, 古瀬充宏, 辰巳隆一
    • Organizer
      平成26年度家畜栄養生理研究会春季集談会
    • Place of Presentation
      日本獣医生命科学大学
    • Year and Date
      2014-05-17 – 2014-05-17

URL: 

Published: 2016-05-27  

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