2016 Fiscal Year Annual Research Report
Diversity, activity, and cultivation of anaerobic methane-oxidizing archaea in sediments of a shallow river estuary
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26450478
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| Research Institution | Yamagata University |
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Principal Investigator |
服部 聡 山形大学, 農学部, 准教授 (40373352)
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2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 嫌気的メタン酸化 / メタン生成 / dsrAB遺伝子 / 菌叢解析 / 分離培養 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では山形県庄内沿岸極浅海域堆積物を対象として、嫌気的メタン酸化古細菌（ANME古細菌）の生理生態を明らかにすることを目的とした。本年度はANME古細菌との共生系の候補微生物である硫酸還元細菌の菌叢解析とANME古細菌の分離培養化を試みた。堆積物深度（下層部、中層部、上層部）ごとに試料からゲノムDNAを抽出後、硫酸還元細菌の検出に用いられるdissimilatory sulfite reductase（dsrAB）遺伝子を対象としてPCR増幅、クローニング、塩基配列決定を行った。その後、決定した塩基配列をアミノ酸に変換し、分子系統解析を行った。その結果、いずれの深度の堆積物試料においてもDesulfobacteraceae科、Desulfobulbaceae科、Laterally acquired dsrAB Firmicutes group、Environmental Firmicutes groupに属するクローンが検出された。一方、これらのクローンの菌叢に占める割合は堆積物深度において異なっており、特に、下層部堆積物においては、Syntrophobacteraceae科に属するクローンが検出された。これらの結果から、当該堆積物においては硫酸還元細菌もANME古細菌と同様に堆積物深度に応じて棲み分けを行っている可能性が示唆された。また、これらのクローンの殆どは系統的に既知の硫酸還元細菌とは離れていたことから、当該堆積物中には新規の硫酸還元細菌が多く生息している可能性が示唆された。ANME古細菌の候補となる微生物の培養に関しては、種々のコロニーの取得を達成したものの、その後の植え継ぎ培養が困難となり純粋分離株の取得には至らなかった。今後、培地組成の改良や堆積物抽出液の添加を行うことにより、これらの継続的な培養を試みてゆく予定である。
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