Genetic analysis of novel hereditary neuropathy mapping to chromosome 1

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 26460411
• Research Institution: Kurume University
• Principal Investigator: 三浦 史郎 久留米大学, 医学部, 講師 (00441650)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 柴田 弘紀 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (80315093)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: IQGAP3 / 遺伝性ニューロパチー / エクソーム / 連鎖解析

Outline of Annual Research Achievements

①本家系の検体収集：家系内罹患者９検体、健常者10検体の合計19検体が集まった。②連鎖解析：責任遺伝子変異の連鎖領域がrs1341580からrs16837709の37.1 Mbの領域に絞られた。③fragment解析による異常伸長repeatをもつ遺伝子探索：患者と健常者で違いは認められなかった。④Array CGHによるコピー数変異解析：患者特異的なpathogenicなコピー数多型は認められなかった。⑤改良版キットを用いたエクソーム解析：IQGAP3遺伝子のintron 27のsplice siteの点変異（c.3422+6T>A）のみが候補として残った。この塩基は脊椎動物全般で保存されていた。⑥罹患者におけるIQGAP3遺伝子の異常スプライス産物の検出：exon 27とexon 28にプライマーペアを設計しPCRを行ったところ、intron 27がスプライスされた産物が健常者cDNAでは存在することが確認されたが、患者cDNAでは増幅が得られなかった。このことは、患者でスプライス異常が生じていることを示唆している。⑦リアルタイムPCRによるIQGAP3発現解析：末梢血由来のcDNA作成に異常がないことをRT-PCRで確認した後リアルタイムPCRを行った。家系内健常者cDNAについては安定した発現が認められたが、罹患者cDNAについては過剰発現のようにもみえたが安定したdataが得られなかった。患者ではIQGAP3の発現に何らかの変化が生じているものと考えられた。
●まとめ
本疾患の責任遺伝子はIQGAP3と思われるが、患者におけるスプライス産物全長が検出できていないこと、また、リアルタイムPCRによるIQGAP3発現が患者だけで安定した結果が得られないことから別の角度からの検証が必要と思われた。現在、zebrafishでの疾患モデルの作成にとりかかっているところである。

Research Products

• [Journal Article] A novel frameshift mutation of DDHD1 in a Japanese patient with autosomal recessive spastic paraplegia (2016)
  • Author(s): Miura S, Morikawa T, Fujioka R, Kosaka K, Yamada K, Hattori G, Motomura M, Taniwaki T, Shibata H.
  • Journal Title: Eur J Med Genet Volume: 59 Pages: 413-416
  • DOI: 10.1016/j.ejmg.2016.05.010.
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Essential tremor with aspartic acidemia (2016)
  • Author(s): Miura S, Fujioka R, Taniwaki T.
  • Journal Title: Kurume Med J Volume: 63 Pages: 81-84
  • DOI: 10.2739/kurumemedj.MS00015.
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Heterozygous missense mutation in SEC24A encoding a coat protein complex II vesicle associated with autosomal dominant spinocerebellar ataxia (2016)
  • Author(s): Morikawa T, Miura S, Kosaka K, Fujioka R, Sano K, Yorita A, Aoki K, Uchiyama Y, Taniwaki T, Shibata H.
  • Organizer: American Society of Human Genetics Annual Meeting 2016
  • Place of Presentation: Vancouver
  • Year and Date: 2016-10-21
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A missense mutation in the PPIG gene encoding the peptidyl-prolyl isomerase G in patients with autosomal dominant benign adult familial myoclonic epilepsy (2016)
  • Author(s): Fujioka R, Miura S, Yamada K, Morikawa T, Motooka H, Uchiyama Y, Aso Y, Kimura N, Sano K, Yamamoto K, Taniwaki T, Shibata H.
  • Organizer: American Society of Human Genetics Annual Meeting 2016
  • Place of Presentation: Vancouver
  • Year and Date: 2016-10-19
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Homozygous 4-bp deletion in the DDHD1 gene, resulting the complete deletion of DDHD domain, as a causative variant in a SPG28 patient (2016)
  • Author(s): Morikawa T, Miura S, Yamada K, Hattori G, Kosaka K, Fujioka R, Motomura M, Taniwaki T, Shibata H.
  • Organizer: International Congress of Human Genetics 2016
  • Place of Presentation: Kyoto
  • Year and Date: 2016-04-05
  • Int'l Joint Research