2014 Fiscal Year Research-status Report
膵管内管状乳頭腫瘍における全ゲノムエクソン配列解析
| Project/Area Number |
26460458
|
|---|
| Research Institution | Saitama Medical University |
|---|
Principal Investigator |
山口 浩 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (20510697)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
古川 徹 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (30282122)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | 膵癌 / 膵管内腫瘍 / 全エクソン解析 / DNA解析 / 次世代シーケンサー |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
Intraductal tubulopapillary neoplasm (ITPN)のアーカイブ症例のうち，3例につき新鮮凍結材料がavailableであった．その3例につき，腫瘍部・非腫瘍部のそれぞれの領域において顕微鏡ガイド下にDNAのサンプリングを行った．SOLiD system及びBioscope softwareを用いて，抽出DNAにおける全ゲノムエクソン解析を施行した．複数のデータベース等を用いてpotential driver geneの絞り込みを行った．我々の過去の研究で明らかになっていたPIK3CAの体細胞変異に加えて，複数のpotential driver geneの同定が可能であった．これらは，現時点ではITPNにおいての報告はもちろん，通常型膵癌やintraductal papillary neoplasm (IPMN)においての報告もほぼ皆無であり，非常に新規性が期待される結果であった．これらのpotential driver geneに関して，Sanger法を用いてdirect sequenceによるconfirmationも行った．
現在，新規サンプルとしてさらに3症例の新鮮凍結材料も対象に含めることが可能となったため，同様の全ゲノムエクソン解析とSanger法によるconfirmationを施行予定である．全6例の解析結果から，同定された遺伝子変異，あるいはそれにより発現が誘導される蛋白などで，免疫組織化学法等で追認可能なものは検討を加えてゆく．
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究当初より材料のそろっていた3例に関し，予定通り次世代シーケンサー(SOLiD system)を用いた全エクソン解析を施行し，過去に我々が同定していたsomatic mutationに加えて新たな複数のpotential driver geneを同定することが出来た．これらは既知の膵癌における遺伝子異常の報告と比較すると新規性の高いものであった．計画は，ほぼ予定通りに進展しており，遅延や方向性の転換などは発生していない．
|
| Strategy for Future Research Activity |
新たに3症例について全エクソン解析が可能となったため，同様の解析を行う予定である．計6例につき全エクソン解析を終えたのちに，intraductal tubulopapillary neoplasm (ITPN)の診断あるいは治療に有用な遺伝子変異を同定していく予定である．同定された遺伝子変異によって発現が誘導される蛋白などが分かれば，免疫組織化学等により追加検討を加える．これにより，治療標的となりうる分子の検索，あるいはより簡便に異常を同定する方法の検証などが出来るものと考えている．
|
| Causes of Carryover |
来年度以降に解析可能な症例が増加したため，今年度の予算の一部をその解析費用として使用することとした．
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
上記の理由欄に記載したように，当初の予定になかった新規対象症例の解析費用に今回の次年度使用額にあたる予算を使用する予定である．
|
-
[Journal Article] Whole exome sequencing reveals recurrent mutations in BRCA2 and FAT genes in acinar cell carcinomas of the pancreas2015
Author(s)
Furukawa T, Sakamoto H, Takeuchi S, Ameri M, Kuboki Y, Yamamoto T, Hatori T, Yamamoto M, Sugiyama M, Ohike N, Yamaguchi H, Shimizu M, Shibata N, Shimizu K, Shiratori K.
-
Journal Title
Scientific reports
Volume: 5
Pages: 8829
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
