2014 Fiscal Year Research-status Report
病原細菌の全ゲノム解析に基づくゲノム疫学の構築と集団感染症対策への応用の基盤研究
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26460540
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| Research Institution | Chiba Prefectural Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
横山 栄二 千葉県衛生研究所, その他部局等, その他 (40370895)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
村上 覚史 東京農業大学, 農学部, 教授 (40385498)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 疫学 / 病原細菌 / 全ゲノム解析 / ゲノム疫学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
当初の予定では腸管出血性大腸菌O157(O157)および結核菌を解析する予定としていたが、得られた研究資金が予定に満たなかったこと、および結核菌の解析については先行研究の公表があったことから、解析対象をO157に絞ることとした。
本研究課題における次世代シークエンサー(NGS)による解析を東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)に依頼することとなっていたが、その依頼過程でNGRCの平成26年度共同研究拠点事業の共同研究課題として採択された。そのことにより、平成26および27年度に解析予定であった計162株のO157菌株の解析が終了した。また、共同研究課題として採択されたことにより当初予定していたNGS解析費用が大幅に縮小したため、NGSデータ解析用PCソフトを購入した。
解析ソフトの購入によりデータ解析が順調に進捗している。計画では解析ソフトで解析した後にMS-ExcelのVBAを使用することにしていたが、ビッグデータの解析には不向きなことから、スクリプト言語のrubyを使用することした。ruby実行環境としてはLinuxが望ましいがLinuxについては知識がなかったことから、外部の講習会を受講した。
これまでに解析によりO157の進化系統グループについての新知見が得られており、その内容について論文を投稿中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
東京農業大学生物資源ゲノム解析センターの平成26年度共同研究拠点事業の共同研究課題として採択されたことにより、当初の計画では平成26および27年度に解析予定であったO157菌株の解析が終了したことによる。それに伴い、O157の進化系統グループについての新知見が得られ、論文投稿も行えた。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シークエンサー(NGS)解析データをO157集団感染症対策に利用するためにはデータ解析の工夫が必要なことが判明したので、それをrubyを用いて行えるように検討する必要がある。また、追加解析が必要な菌株の有無を分子疫学によりスクリーニング中であり、その結果によって今年度のNGS解析を行うかどうかを決定する。
また、当初の計画ではNGS解析を行える人材育成を行うことも考えていたが、研究所にNGS導入をすることが困難な状況にあることから、NGS解析の実験系部分についてはアウトソースをすることにし、データ解析に関して人材育成を行うことを検討している。
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| Causes of Carryover |
東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)の共同研究課題として採択されたことによる次世代シークエンサー解析費用の大幅な減額があった。それにより、データ解析用PCソフトを購入する余裕が出来たため購入したがそれでも物品費の余剰が生じた。
また、ソフト購入によりデータ解析のためにNGRCに出向く必要がなくなり、旅費の余剰が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
計画より順調に実験が進行した関係上、今後は実績発表のための学会発表および論文発表を行うこととなる。そのために、旅費および論文発表の際の英文校閲の謝金が増加する見込みであるため、物品費から項目を振り替えて使用する予定である。
データ解析用PCソフトはライセンス使用量が1年ごとに必要となるため、それに物品費を使用する。また、データ解析の結果、追加で解析する菌株のスクリーニングを行う必要が生じたため、スクリーニングのための分子疫学的解析の費用として使用する予定である。
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