2015 Fiscal Year Research-status Report
病原細菌の全ゲノム解析に基づくゲノム疫学の構築と集団感染症対策への応用の基盤研究
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26460540
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| Research Institution | Chiba Prefectural Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
横山 栄二 千葉県衛生研究所, その他部局等, その他 (40370895)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
村上 覚史 東京農業大学, 農学部, 教授 (40385498)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 疫学 / 病原細菌 / 全ゲノム解析 / ゲノム疫学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シークエンサー(NGS)のデータについては平成26年度中に予定数の解析が終了していたが、研究目的を達成するために新たな観点からの調査が必要であることが判明した。そのため、東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)の平成27年度共同研究拠点事業の共同研究(後期分)に申請し採択されたことで追加の解析データを得る事ができた。
研究目的であるゲノム疫学を構築するためにはその対象となる病原細菌の進化系統グループを明らかにする必要があるが、NGS解析で得られたデータに基づいて本研究の研究対象である腸管出血性大腸菌O157の進化系統グループ定義を評価し、再定義を行った。その内容については論文を投稿中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の研究計画では予定していなかった解析が必要となったが、それに関しては東京農業大学生物資源ゲノム解析センター(NGRC)の平成27年度共同研究拠点事業の共同研究(後期分)に採択されたことで必要なデータを得ることが出来た。予定通り、平成28年度についてはNGS解析を行う必要はない段階まで終了している。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成28年度はこれまでに得られたデータを解析し、その成果を学会および論文発表により社会に還元していく。論文については現在投稿中の１報に加えて、もう１報が投稿準備がほぼ整った段階まで到達している。また、学会発表については４月、９月、１１月に予定している。
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| Causes of Carryover |
あらたにNGS解析が必要となった菌株の解析が、東京農業大学生物資源ゲノム解析センターの平成27年度共同研究改題として採択されたことにより、NGS解析に使用する費用が軽減できたために計画より余剰が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
研究成果をより広く還元するために、投稿する論文をOpen Accessにするための費用として使用する予定である。
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| Remarks |
平成26年度に東京農業大学生物資源ゲノム解析センターに依頼したNGS解析の概要がニュースレターのP30に掲載されている。
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