2017 Fiscal Year Annual Research Report
Development of novel classification of mycobacteria by whole genome analysis and mass spectrometry
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26460686
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| Research Institution | Kyorin University |
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Principal Investigator |
松島 早月 杏林大学, 医学部, 実験助手 (80231596)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
渡邊 卓 杏林大学, 医学部, 教授 (00191768)
大塚 弘毅 杏林大学, 医学部, 学内講師 (70439165)
大西 宏明 杏林大学, 医学部, 教授 (80291326)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 非結核性抗酸菌 / 全ゲノム解析 / 質量分析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究機関全体を通じて、以下の成果を得た。
【１】抗酸菌DNAの抽出法の検討： 抗酸菌は、他の菌に比べ純粋なDNAの抽出が困難であることが知られているが、以下の点を改良することで、次世代シークエンサーに使用し得る高純度のDNAを得ることができた。１）菌量をできる限り多く使用する。２）粉末のproteinase Kを用いる。３）エタノール洗浄を十分行う。
【２】各種抗酸菌の全ゲノム解析： 上記の方法により、Mycobacterium kyorinenseおよびM. celatum type 1の基準株から高純度のDNAを抽出し、次世代シークエンサーION PGMを用いて、２菌種の全ゲノム配列の決定を行い、特に薬剤耐性関連遺伝子に注目して解析を行った。その結果、この２菌種では、結核菌におけるリファンピシン耐性に関与するとされるrpoB遺伝子のSer531Asp置換が認められた一方、エタンブトール耐性に関与するembB遺伝子、およびイソニアジド耐性に関与するinhA, katG, ahpC遺伝子では、結核菌で高頻度に報告されている塩基置換は認められなかった。さらに6株のMycobacterium kyorinenseについて全ゲノム解析を行ったところ、日本の菌株7種は、登録されているアメリカの菌株のデータと比べいずれも20万塩基前後のSNPが見られるのに対し、ブラジルの菌株はアメリカの菌株と比べ約7万塩基のSNPを認めた。このように、同じ菌株内でも地域により多様性が見られることが示唆された。
【３】質量分析による蛋白プロファイルの解析： M. kyorinenseについて、抗酸菌用細胞膜破砕装置を用いて、蛋白液を抽出した。抽出した蛋白液を用いて、質量分析装置により、蛋白プロファイルの分析を行ったところ、ピークが表出されず、解析困難であった。
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[Presentation] Mycobacterium Kyorinense infection; Clinical, biological and genetic feature.2017
Author(s)
Hiroaki Ohnishi, Kouki Ohtsuka, Yuko Kazumi, Takemasa Takii, Satoshi Mitarai, Satsuki Matsushima, Shota Yoneyama, Satoshi Otani, Takashi Yoshiyama, Yasuhiro Kato, Yata Hayashi, Junishi Machiya, Kaneyuki Kida, Jun Sugihara, Satoko Yamasaki, Tomonori Kishino, Hajime Goto, Takashi Watanabe
Organizer
The 29th World congress of world association of societies of pathology and laboratory medicine
Int'l Joint Research
