2015 Fiscal Year Research-status Report
オントロジーを用いた薬物有害事象の薬力学的機序の推論手法に関する研究
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26460857
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
今井 健 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90401075)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | オントロジー / 知識推論 / 薬力学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は薬物による有害事象の発生原因となり得る薬力学的機序を計算機推論により導出する手法の開発である。そのため、本年度は昨年度の成果を元に、(1) 薬効薬理オントロジーへのインスタンス追加、(2) 解剖構造物のメカニズムを用いた薬効薬理知識拡充手法とオントロジーとの連携手法を検討しアプリケーションのプロトタイプ実装を行った。
(1) 昨年度整備した、薬剤・薬理作用・標的過程への作用・分子レベルの情報伝達過程・生理学的状態連鎖などの概念クラスからなる薬効薬理オントロジーの記述フレームワークに基づき、具体的なインスタンス知識の拡充を行った。DrugBank, KEGG, NDF-RT, SIDERなど既存のデータベースから抽出された情報を薬効薬理オントロジーの記述テンプレート形式に変換することで、本フレームワークのインスタンス知識の追加が可能であることを確認した。
(2) 昨年度開発した、生理学的状態連鎖に関する知識が不足していた場合に人体解剖構造物メカニズムから推論補完する手法を基に、(1) のオントロジーとの連携方式について検討し、アプリケーションのプロトタイプ実装を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究のベースとなる薬効薬理オントロジーについては、昨年度までの成果に基づき、既存のデータベースから抽出・変換されたものについてのインスタンス知識追加作業が順調に進められている。また不足している生理学的状態連鎖知識の推論補完手法についても、オントロジーとの連携部分についてのプログラム基礎開発が順調に進められている。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度では、まずこれまでに収集されてきた知識ベースを分析し、その知識量と詳細度から本研究手法で最終的に対象とする薬剤・副作用症状の種別、疾患分野を選定する。次にその絞った対象に対し、生理学的状態連鎖の不足知識を、解剖構造物のメカニズムから推論補完できない部分について調査し、人手収集による知識拡充を行う。最終的に、拡充された薬効薬理オントロジーを元にした有害事象の機序推論システムを、本年度作成したプロトタイプ実装を発展させたWebアプリケーションとして開発し、有効性の評価を行う。
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| Causes of Carryover |
研究を続けていく過程で、既存の薬剤情報データベースから得られる機序推論に関する知識が少ないことが既に判明しており、最終的に本研究で対象とする薬剤・副作用・疾患領域を絞り、重点的に人手で知識拡充を行う必要性があることが分かっている。本年度研究では、まず人手以外で収集可能な知識量の全体像を明らかにし対象の選定を効率的に行うため、既存のデータベースから自動収集された知識インスタンスの追加と、解剖構造物のメカニズムに基づいた推論による知識補完をオントロジーと組み合わせる手法のプロトタイプ実装を優先することとした。そのため、予定していた人件費支出については来年度での使用に回すこととした。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度では、最初に本年度の成果を基に、対象として適した薬剤・副作用・疾患領域を選定する予定である。その後は当初の予定通り、選定領域を重点的な対象とした知識抽出作業にかかる費用として使用する予定である。
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Research Products
(1 results)
