2014 Fiscal Year Research-status Report
KRAS変異陰性膵がんの治療標的となる遺伝子異常の同定
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26461039
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
上野 秀樹 独立行政法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (10307522)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥坂 拓志 独立行政法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (70501849)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 膵がん / KRAS / がん遺伝子 / 遺伝子変異 / 遺伝子融合 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
浸潤性膵管がんの凍結保存検体100 例およびヒト膵がん細胞株19 種類に関してcoverage depth mean 4,685x (607-12,359x)のTarget sequencing を行い、既知のがん関連遺伝子の異常の探索を行った。その結果、腫瘍検体の97% (97/100)で何らかの変異遺伝子が認められ、1検体当り平均1.6つの変異遺伝子が認められた。KRAS変異は全体の96%（96/100）で同定され、腫瘍細胞含有率の推測値は平均31%（2-93%）であった。その他の主要な遺伝子変異としてTP53 (42%, 42/100), SMAD4 (13%, 13/100), CDKN2A (7%, 7/100)の変異が認められた。また、細胞株の全例でKRAS変異が同定された。KRAS陰性4例のうち、1例ではCDKN2A及びTP53遺伝子の変異が同定されたが、残り3例では遺伝子変異は同定されなかった。
これら4例のうち十分量のゲノムDNAが得られた3例(P013, P030, P096)について次世代シークエンサーを用いた全エクソンシークエンス解析を行った。その結果、2例(P030, P096)で体細胞変異が同定された。また、KRAS変異陰性4例を含めた13例について全RNAシークエンス解析を行った。その結果、白血病や肺がん等で知られる既知の遺伝子融合は検出されなかった。また、KRAS陰性例で共通にみられる遺伝子融合は存在しなかった。しかしながら、各例には1-6個の融合遺伝子候補が検出されたため、これらはKRAS陰性膵がんの発生に関わる可能性がある。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定したTarget sequencing、そこで同定したKRAS変異陰性例の全エクソンシークエンスや全RNAシークエンスが終了した。よって、進捗は順調であると言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後以下の解析を行う。
１．遺伝子変異について：遺伝子変異の蓄積状態と膵がんの病態・病理組織型との関連解析を行い、膵発がんにおける遺伝子変異の意義の解析を行う。
２．遺伝子融合について：RT-PCR解析により、融合遺伝子候補の発現を調べる。確認できたものについて、遺伝子機能から推定し治療標的として有望なものについて、機能解析に着手する。
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| Causes of Carryover |
実験に必要な試薬が購入予定額よりも安く購入でき、残額は翌年度の試薬購入に充てることにした。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
試薬の購入
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[Presentation] Gene mutation profile of pancreatic cancer obtained using targeted deep sequencing and its association with prognosis2014
Author(s)
Hayashi H, Ueno H, Sakamoto Y, Kondo S, Morizane C, Saito M, Shimada K, Ichikawa H, Hiraoka N, Kohno T, OKusaka T
Organizer
ESMO (EUROPEAN SOCIETY FOR MEDICAL ONCOLOGY) 2014 Congress
Place of Presentation
Madrid, Spain
Year and Date
2014-09-26 – 2014-09-30
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