肺神経内分泌腫瘍の遺伝子変異・融合遺伝子の同定と新規治療標的バイオマーカーの開発

2014 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26461168
• Research Institution: Nippon Medical School
• Principal Investigator: 宮永 晃彦 日本医科大学, 医学部, 助教 (00591281)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 弦間 昭彦 日本医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (20234651) ; 清家 正博 日本医科大学, 医学部, 准教授 (30366687)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 次世代シーケンサー / 肺神経内分泌腫瘍 / 遺伝子変異

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、次世代シーケンサーを用いて肺神経内分泌腫瘍における遺伝子変異・融合遺伝子の存在を明らかにし、新規治療標的バイオマーカーを探索することを目的としている。これまでに、肺神経内分泌腫瘍の新規診断マーカーおよび予後因子・再発予測の候補となる分子を見出しているが、低悪性度肺神経内分泌腫瘍は希少癌であることもあり、addicted oncogeneは見つかっていない。今年度は、最初に網羅的な融合遺伝子探索を、肺カルチノイドのtotal RNAから次世代シーケンサーGenome analyzer IIx (Illumina)を用いて行った。更に、肺神経内分泌腫瘍における遺伝子変異探索を行うために、肺カルチノイド患者の腫瘍部と正常部のDNAを抽出し、Agilent 2100 Bioanalyzerでqualityを評価し、抽出されたDNAの全エクソンをSureSelect Target Enrichment System(Agilent Technologies)で濃縮後、次世代シーケンサーGenome analyzer IIx (Illumina)にてエクソーム塩基配列解析を行い、遺伝子変異候補のスクリーニングを行った。現在までに遺伝子変異・融合遺伝子の候補リストの絞り込みに成功しており、今後の研究遂行の当たっては意義が高く、研究の第一段階の目標は達したと考えている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度までに、肺神経内分泌腫瘍における遺伝子変異・融合遺伝子候補のスクリーニングに成功しており、研究の第一段階の目標は達したと考えている。

Strategy for Future Research Activity

平成26年度に得られた肺神経内分泌腫瘍におけるmRNAの網羅的融合遺伝子とエクソーム塩基配列解読の解析結果から、平成27年度は、①肺カルチノイドに特異的遺伝子変異・融合遺伝子の候補をバイオインフォマティクスにより解析し、RT-PCR法及びSanger sequencing法で検証する。さらに、Pathway解析で検討し、肺神経内分泌腫瘍に特異的な遺伝子変異と融合遺伝子の意義を探索する。②ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片を用いた候補遺伝子のタンパク発現の検証と細胞内局在を検討する。③ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片を用いたFISHスクリーニングを検討する。

Causes of Carryover

次世代シーケンサーを用いた遺伝子変異・融合遺伝子のスクリーニングの症例数が、DNAやRNAの抽出量の問題により、当初の予定より減少したことによる。

Expenditure Plan for Carryover Budget

平成26年度に得られた肺神経内分泌腫瘍におけるmRNAの網羅的融合遺伝子とエクソーム塩基配列解読の解析結果から、バイオインフォマティクスにより解析し、RT-PCR法及びSanger sequencing法で検証する。候補遺伝子変異の発現を免疫染色法やFISH法で検証する。研究代表者分 137万（平成27年度研究費(80万)と平成26年度繰越研究費（57万）、データ解析）
研究分担者分 5万（データ解析のための生化学試薬など）