Identification of the genomic landscape in pulmonary neuroendocrine tumor

2017 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 26461168
• Research Institution: Nippon Medical School
• Principal Investigator: 宮永 晃彦 日本医科大学, 医学部, 助教 (00591281)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 弦間 昭彦 日本医科大学, 医学部, 教授 (20234651) ; 清家 正博 日本医科大学, 医学部, 教授 (30366687)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 次世代シーケンサー / 肺神経内分泌腫瘍 / 遺伝子変異 / 融合遺伝子 / 肺カルチノイド

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、次世代シーケンサーを用いて肺神経内分泌腫瘍における遺伝子変異・融合遺伝子の存在を明らかにし、候補遺伝子の機能的意義を探索し、新規治療標的バイオマーカーへの応用を目指している。
平成26年度から平成27年度の2年間は、肺カルチノイド患者の腫瘍および肺正常部から抽出したDNA、RNAから次世代シーケンサーで解析を行い、RNAの融合遺伝子とエクソーム塩基配列解読の解析を、バイオインフォマティクスによる絞り込みを行った。次世代シーケンサー解析の候補遺伝子変異数は、過去報告されている肺癌の遺伝子変異数と比較して相対的に少ない結果であった。これは低悪性度腫瘍の症例に限定した解析のため、悪性度の高い組織型に比べて変異数が少なかったと推測された。これらの結果をRT-PCR法及びSanger sequencing法で検証することで、治療標的や発癌に関与する可能性のある融合遺伝子および遺伝子変異を選択した。平成28年度には、肺カルチノイドに特異的遺伝子変異・融合遺伝子の候補をシグナル情報解析で検討し、肺神経内分泌腫瘍に特異的な遺伝子変異と融合遺伝子の意義を探索した。平成29年度は、肺カルチノイド手術患者の腫瘍RNAを用いて、exon arrayを用いたRNA 網羅的発現解析を行い、候補遺伝子変異・融合遺伝子との関連性を検討した。更に候補とした融合遺伝子に関して、ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片を用いたFISHスクリーニングによる検証を進めた。解析結果については、研究成果報告書にて詳細を報告する予定である。