2016 Fiscal Year Annual Research Report
Expression profiling of inclusion body myositis by massive parallel sequencing
Project/Area Number |
26461265
|
Research Institution | International University of Health and Welfare |
Principal Investigator |
後藤 順 国際医療福祉大学, 大学病院, 教授 (10211252)
|
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
清水 潤 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40260492)
|
Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
|
Keywords | 炎症性筋疾患 / 封入体筋炎 / 縁取り空胞変性 / RNA-seq / 発現プロファイリング / レーザーマイクロダイセクション |
Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、次世代シークエンサーおよびレーザーマイクロダイセクセクションによる封入体筋炎生検骨格筋の網羅的発現プロファイリングによる解析を行い、封入体筋炎の病態解明を目標としている。本研究費とゲノム支援によって、平成26年度、27年度、28年度の3年間で、計79検体の解析を行った。内訳は、コントロール11例、PM11例、IBM47例、CD8-MHC-1 complexのあるPMやIBM以外の10例である。RIN>5以上の71例について解析した。RIN値が5以下のコントロール2例、PM2例、IBM4例については、解析から除外した。ヒトの参照配列へのmapping率はいずれも80%以上であった。解析の結果、IBMではPMや健常コントロールと比較し、細胞接着因子やNod-like receptor signaling pathwayなどの炎症に関わる経路や、オートファジー・リソソーム系、スプライソソームに関わる遺伝子の発現量が増加していた。一方IBMでは酸化的リン酸化やクエン酸回路、電子伝達系などに関わる遺伝子の発現量が低下していた。炎症に関わる経路の遺伝子の発現量が増えていたことはマイクロアレイによる既報告(Greenberg et al. Neurology 2002;59:1170-1182)と合致していたが、オートファゴソーム膜の形成に必須なLC3と相互作用するp62のmRNAは、real-time PCRを用いた既報告(Nogalska et al. Acta Neuropathol 2009;118:407-413)では上昇していたのに対し、本研究ではコントロールとPM、IBMの間で有意な発現量の変化は認めなかった。レーザーマイクロダイセクションによる解析は、予備実験までで、解析については、本研究期間内には達成できなかった。
|