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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Establishment of comprehensive gene analysis of Noonan syndrome and related disorders

Research Project

Project/Area Number 26461520
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

新堀 哲也  東北大学, 医学系研究科, 准教授 (40436134)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松原 洋一  国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 所長室, 研究所長 (00209602)
青木 洋子  東北大学, 医学系研究科, 教授 (80332500)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywordsヌーナン症候群 / コステロ症候群 / CFC症候群 / NGS
Outline of Annual Research Achievements

ヌーナン症候群およびその類縁疾患の次世代シークエンサー(NGS)を用いた網羅的原因遺伝子解析系の確立において、これまでのサンガー法での遺伝子診断に用いるPCRプライマーをそのまま用いて解析を行うことを目指し、以下の方法で解析を行った。1)ゲノムDNAを鋳型にMultiplex PCRにて目的領域の12遺伝子、150アンプリコンの増幅を行なう。2)DNAを超音波にて断片化し、illuminaシークエンス配列を持つY字型アダプターをligation。3)P5、P7およびインデックス配列を付加するためPCRを行い、ライブラリを作成。4) illumina Miseqで読み取りを行った。その結果、概ね良好な塩基配列データを得ることができた。陽性対照における解析でも各変異の検出には成功しているが、アンプリコンの増幅高率が均等でなく、十分な量のリードでカバーされない領域が存在するため、さらにMultiplex PCRに使用するプライマーおよびMultiplex PCRの溶液内容の条件などの検討を行った。しかし2アンプリコンは毎回充分な増幅ができず、更に4-6アンプリコンは十分な増幅が得られない場合があった。すなわち約95%のアンプリコンは塩基配列決定が可能と考えられたが、残りの配列をどうすべきか、さらなる検討が必要と考えられた。また、当初の予想通り、ヌーナン症候群の新規原因遺伝子PPP1CBが昨年同定された。この遺伝子のプライマーをMultiplex PCRに追加すれば解析が可能である。これらの研究は、東北大学大学院医学系研究科倫理委員会による承認を受けている。
本手法が確立できれば、現状のサンガー法による一人ひとり、一アンプリコンずつの解析から、1回の解析により複数サンプル、12遺伝子以上の解析が可能となり効率化が達成できる。

  • Research Products

    (3 results)

All 2017 2016

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Patient with a novel purine-rich element binding protein A mutation.2017

    • Author(s)
      Okamoto N, Nakao H, Niihori T, Aoki Y.
    • Journal Title

      Congenit Anom (Kyoto).

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1111/cga.12214.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population.2016

    • Author(s)
      Higasa K, Miyake N, Yoshimura J, Okamura K, Niihori T, et al.
    • Journal Title

      J Hum Genet.

      Volume: 61(6) Pages: 547-53

    • DOI

      10.1038/jhg.2016.12.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Mutations in MECOM, encoding oncoprotein EVI1, cause radioulnar synostosis with amegakaryocytic thrombocytopenia2016

    • Author(s)
      Niihori T, Ouchi-Uchiyama M, Sasahara Y, Kaneko T, Hashii Y, Irie M, Sato A, Saito-Nanjo Y, Funayama R, Nagashima T, Inoue S, Nakayama K, Ozono K, Kure S, Matsubara Y, Imaizumi M, Aoki Y
    • Organizer
      13th ICHG
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都市)
    • Year and Date
      2016-04-03 – 2016-04-07
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-01-16  

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