2016 Fiscal Year Annual Research Report
Establishment of comprehensive gene analysis of Noonan syndrome and related disorders
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26461520
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
新堀 哲也 東北大学, 医学系研究科, 准教授 (40436134)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松原 洋一 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 所長室, 研究所長 (00209602)
青木 洋子 東北大学, 医学系研究科, 教授 (80332500)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ヌーナン症候群 / コステロ症候群 / CFC症候群 / NGS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヌーナン症候群およびその類縁疾患の次世代シークエンサー（NGS)を用いた網羅的原因遺伝子解析系の確立において、これまでのサンガー法での遺伝子診断に用いるPCRプライマーをそのまま用いて解析を行うことを目指し、以下の方法で解析を行った。1)ゲノムDNAを鋳型にMultiplex PCRにて目的領域の12遺伝子、150アンプリコンの増幅を行なう。2)DNAを超音波にて断片化し、illuminaシークエンス配列を持つY字型アダプターをligation。3）P5、P7およびインデックス配列を付加するためPCRを行い、ライブラリを作成。4) illumina Miseqで読み取りを行った。その結果、概ね良好な塩基配列データを得ることができた。陽性対照における解析でも各変異の検出には成功しているが、アンプリコンの増幅高率が均等でなく、十分な量のリードでカバーされない領域が存在するため、さらにMultiplex PCRに使用するプライマーおよびMultiplex PCRの溶液内容の条件などの検討を行った。しかし2アンプリコンは毎回充分な増幅ができず、更に4－6アンプリコンは十分な増幅が得られない場合があった。すなわち約95％のアンプリコンは塩基配列決定が可能と考えられたが、残りの配列をどうすべきか、さらなる検討が必要と考えられた。また、当初の予想通り、ヌーナン症候群の新規原因遺伝子PPP1CBが昨年同定された。この遺伝子のプライマーをMultiplex PCRに追加すれば解析が可能である。これらの研究は、東北大学大学院医学系研究科倫理委員会による承認を受けている。
本手法が確立できれば、現状のサンガー法による一人ひとり、一アンプリコンずつの解析から、1回の解析により複数サンプル、12遺伝子以上の解析が可能となり効率化が達成できる。
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Research Products
(3 results)
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[Presentation] Mutations in MECOM, encoding oncoprotein EVI1, cause radioulnar synostosis with amegakaryocytic thrombocytopenia2016
Author(s)
Niihori T, Ouchi-Uchiyama M, Sasahara Y, Kaneko T, Hashii Y, Irie M, Sato A, Saito-Nanjo Y, Funayama R, Nagashima T, Inoue S, Nakayama K, Ozono K, Kure S, Matsubara Y, Imaizumi M, Aoki Y
Organizer
13th ICHG
Place of Presentation
国立京都国際会館（京都市）
Year and Date
2016-04-03 – 2016-04-07
Int'l Joint Research
