Genetic and genomic analysis on the patients with multiple congenital anomalies

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 26461538
• Research Institution: Kanagawa Children's Medical Center (Clinical Research Institute)
• Principal Investigator: 黒澤 健司 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 部門長 (20277031)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: エクソーム解析 / マイクロアレイ / 多発奇形 / 精神遅滞 / 次世代シーケンス / ゲノム支援 / copy number variant

Outline of Annual Research Achievements

多発奇形・精神遅滞をヒトにおける発生異常ととらえ、その病因を明らかにすることを目的に、全エクソーム解析による網羅的な遺伝子・ゲノム異常スクリーニングを計画した。対象としては、現在までにマイクロアレイCGHを終え、臨床的に既知疾患を否定した症例を選択した。文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（ゲノム支援）のサポートを得て解析を進めた。最初に染色体G分染およびマイクロアレイ染色体検査でスクリーニングを行い、変異を認めないケースについて、全エクソーム解析を実施した。キャプチャーはAgilent SureSelect V5+UTRsで、HiSeq 2500を用いて、Paired endでランを実施した。参照ゲノムはhg19 assemblyに基づき、dbSNP 135, NHLBI Exome Sequencing project、1000 genomesを用いた。データ解析パイプラインはBWA、Samtools、GATK、ANNOVARで構成した。Z-scoreによるデータのCNV変換も行った。31症例に対して全エクソーム解析を実施した。多発奇形・精神遅滞20家系（同胞発症7家系）、先天性心疾患5家系（同胞発症4家系）、その他の先天異常6家系（同胞発症3家系）であった。多発奇形・精神遅滞で7例、その他で2例、合計9家系で疾患特異的変異を検出することができた。現在も家系解析を含め、解析継続中である。先天性心疾患同胞例、並びにその他の先天異常では、同胞例にもかかわらず、疾患特異的変異を検出することができていない。未同定家系では新規の病因遺伝子異常に由来する可能性がある。引き続きの検討が今後の課題である。

Research Products

• [Journal Article] A case of MECP2 duplication syndrome with gonadotropin-dependent precocious puberty. (2017)
  • Author(s): Tsuji-Hosokawa A, Matsuda N, Kurosawa K, Kashimada K, Morio T.
  • Journal Title: Horm Res Paediatr Volume: 87 Pages: 271-276
  • DOI: 10.1159/000449222
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A contiguous gene deletion neighboring TWIST1 identified in a patient with Saethre-Chotzen syndrome associated with neurodevelopmental delay: possible contribution of HDAC9. (2017)
  • Author(s): Shimbo H, Oyoshi T, Kurosawa K.
  • Journal Title: Congenit Anom (Kyoto) Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1111/cga.12216
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A novel UBE2A mutation causes X-linked intellectual disability type Nascimento. (2017)
  • Author(s): Tsurusaki Y, Ohashi I, Enomoto Y, Naruto T, Mitsui J, Kurosawa K, Aida N
  • Journal Title: Human Genome Variation Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 次世代シーケンサーにより診断されたKBG症候群の臨床像 (2016)
  • Author(s): 横井貴之、湊川真理、羽田野ちひろ、榎本友美、鶴崎美徳、成戸卓也、小崎健次郎、黒澤健司
  • Organizer: 第39回日本小児遺伝学会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学（東京都港区）
  • Year and Date: 2016-12-09 – 2016-12-10
• [Presentation] Dosage Changes of NIPBL cause various types of neurodevelopmental disability. (2016)
  • Author(s): Hatano C, Yokoi T, Enomoto Y, Tsurusaki Y, Saito T, Nagai J, Kurosawa K
  • Organizer: he 13th International Congress of Human Genetics
  • Place of Presentation: 京都国際会議場（京都府京都市）
  • Year and Date: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Structural brain abnormalities associated with deletion at chromosome 2p16.1. (2016)
  • Author(s): Shimbo H, Yokoi T, Mizuno S, Suzumura H, Aida N, Nagai J, Ida K, Enomoto Y, Hatano C, Kurosawa K.
  • Organizer: The 13th International Congress of Human Genetics
  • Place of Presentation: 京都国際会議場（京都府京都市）
  • Year and Date: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Early development of rare tumors in individuals with congenital malformation syndrome. (2016)
  • Author(s): Minatogawa M, Iwasaki F, Fukuda K, Hatano C, Yokoi T, Enomoto Y, Ida K, Tsurusaki Y, Harada N, Saitou T, Nagai J, Goto H, Kurosawa K
  • Organizer: The 13th International Congress of Human Genetics
  • Place of Presentation: 京都国際会議場（京都府京都市）
  • Year and Date: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Next-generation sequencing identifies novel ARID1B mutations in patients with Coffin-Siris syndrome. (2016)
  • Author(s): Tsurusaki Y, Enomoto Y, Yokoi T, Hatano C, Ida K, Kurosawa K
  • Organizer: The 13th International Congress of Human Genetics
  • Place of Presentation: 京都国際会議場（京都府京都市）
  • Year and Date: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • Int'l Joint Research