2014 Fiscal Year Research-status Report
先端的ゲノミクスによる小児横紋筋肉腫の新規転座とクローン進化の解析
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26461566
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
西村 力 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (10463861)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
滝田 順子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (00359621)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 横紋筋肉腫 / 次世代シーケンサー / RNAシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
横紋筋肉腫は病理組織学的に大きく胞巣型と胎児型のふたつに分けられるが、いずれの病型も初診時遠隔転移陽性の場合、5年生存率30%未満と極めて不良であり、このような難治例に特化した新たな治療戦略の開発が求められている。一方融合遺伝子は特に造血器腫瘍や肉腫において比較的高頻度に認められ、特に小児腫瘍では腫瘍発生のメカニズムとして、転座が関与する頻度が高いとされている。腫瘍特異性も高いことから、診断的価値や治療標的として解析する意義は大きい。新しい重複する転座の同定は、腫瘍の分子病態の解明やそれに基づいた治療薬開発につながる非常に有用な情報となる。横紋筋肉腫では胞巣型の約20%と胎児型においては、現在重複する転座は報告されていない。そこで本年度は胎児型または転座陰性胞巣型横紋筋肉腫の新規融合遺伝子の探索を計画した。解析方法としては、RNAシーケンスにて全トランスクリプトのシークエンスをすることで網羅的な融合遺伝子を同定を試みる。解析に用いる検体は東大小児科研究室保存の胎児型横紋筋肉腫と転座陰性胞巣型の新鮮腫瘍検体に加え、もともと希少疾患であるため、自多施設からの収集を継続している。また本解析には高純度のRNAが必要であり、新鮮腫瘍または凍結検体が必要となるが、長期保存検体やRNAとしての保存検体では純度に問題があることが多く、現時点で基準をクリアした検体は新鮮腫瘍では数検体となった。これに横紋筋肉腫の細胞株1株を加えた検体で解析を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
横紋筋肉腫新鮮腫瘍検体のうち、解析可能な高純度のRNAの抽出が可能だったものを用いて解析を行った。シークエンス用の検体処理、シークエンス解析を行い、Genomon-Fusion: http://genomon.hgc.jp/rna/にて転座候補が同定されている。検体の収集は継続している。以上から概ね順調に進展していると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
同定された転座候補について、意味のある転座か（インフレームになっているか、遺伝子の機能など）、重複の有無などの解析を進める。また今までのSNPアレイやエクソーム解析結果などとの関連を複合的に解析する。またそれらを全体的に総合して、更に解析数を増やすべきかを検討する。
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| Causes of Carryover |
既存の保存新鮮腫瘍検体のうち、解析可能な高純度のRNAが得られた検体が少なく、現時点では計画当初の予定数より解析検体数少数にとどまっているため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
検体の収集を継続し、更に検体数を増やして解析を行う。RNAシークエンスが終了しているデータについて詳細に検討し、同定された融合遺伝子について重複や遺伝子の機能から推定される効果などを解析する。確認実験では、RT-PCRレベルでの確認ではRNAシークエンスほどの純度は必要ないため、より多数の検体での検討を行う。
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