2014 Fiscal Year Research-status Report
食道癌におけるポストゲノムシークエンスの変異遺伝子機能解析
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26461986
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
木村 昌弘 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (50336682)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石黒 秀行 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10363920)
田中 達也 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20529169)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 次世代シークエンス / 食道癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. 次世代シークエンサーを用いた臨床検体における変異遺伝子の同定
平成元年から平成20年度の間に食道癌手術症例のうち48検体について、Truseq Custum Trial kit（Cancer Gene）の400遺伝子についてシークエンスを終了している。T1からT2、T2からT3へと進行するにしたがって増える遺伝子変異を統計解析し、現在までに7種類の遺伝子（AKAP9,ATM,CYTSB,DDX10,MYH7,MYST4,PRDM16）を同定した。またN0とN1の比較において8種類の変異遺伝子（BCR,CARD11,FANCA,JAZF1,NIN,NSD1,RANBP17,REQL4）を同定した。さらにデータを絞込み、coverageは100以上、coding領域のみの変異、silent変異は除外、変異が4症例以下のものは除外、のcriteriaをクリアしたATM（変異と食道癌放射線感受性に関連の報告）、NIN（GSK3Bに結合）に関してはSNPデータベースを突き合わせ、SNPを除外することができた。しかしながら、他の遺伝子については、未知のSNPが含まれている可能性があり、さらにデータベースとの検討を行っている。
2. 食道癌臨床検体150検体における遺伝子変異解析
ATM,NIN遺伝子に対しては、さらにサンガー法にて症例数を計150症例まで増やしていく予定で、現在臨床検体からGenomicDNAを150例抽出終了した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
SNPデータベースとの比較に予想以上に時間がかかったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後GenomicDNAをPCRで増幅し、ダイレクトシークエンスを行い、次世代シークエンスで得られた変異部位、Hot spotの有無などをさらに確認する。
また食道癌細胞株TEシリーズ、KYSEシリーズに関しても候補遺伝子に関するダイレクトシークエンスを行い、statusを確認する。
野生株ベクター、変異ベクター作成も同時に行っていく予定である。
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| Causes of Carryover |
細胞実験を行う前のWeb上での検討、統計処理などに時間をとられたため、使用額を満額使用するにいたらなかった。27年度は計画通り、進めていく方針で、使用できると考える。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
細胞実験において、26年度の残金と27年度予算で使用予定。
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Research Products
(6 results)
