2015 Fiscal Year Research-status Report
食道癌におけるポストゲノムシークエンスの変異遺伝子機能解析
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26461986
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
木村 昌弘 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 研究員 (50336682)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石黒 秀行 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10363920)
田中 達也 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20529169)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 次世代シークエンス / 食道癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
食道癌手術症例のうち48検体について、Truseq Custum Trial kit（Cancer Gene）の400遺伝子についてシークエンスを終了し、T1からT2、T2からT3へと進行するにしたがって増える遺伝子変異を統計解析し、現在までに7種類同定した。またN0とN1の比較において8種類の変異遺伝子を同定した。
現時点でT因子に関わる候補変異遺伝子は、AKAP9、ATM、CYTSB、DDX10、MYH7、MYST4、PRDM16である。個々の遺伝子につき、Wild typeの発現ベクター（pcDNA3.1）およびhot spotのmutant発現ベクターを作成中である。その上で、食道正常細胞株HET1Aに導入する予定である。 発現ベクターの作成に手間取っており、外注も考慮中である。細胞株に導入し、細胞増殖をギムザ染色、MTTアッセイ、およびcell invasion assayを行う予定である。
現時点でN因子に関わる候補変異遺伝子は、BCR、CARD11、FANCA、JAZF1、NIN、NSD1、RAMBP17、REQL4であり、これらについても個々の遺伝子につき、Wild typeの発現ベクター（pcDNA3.1）およびhot spotのmutant発現ベクターを作成中である。変異症例のcDNAから、RT PCRをかけて遺伝子領域を増幅したのち、発現ベクター（pcDNA3.1）にクローニングする予定である。特に転移能を獲得するにいたった遊走能に着目したい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
研究協力者の変更、転勤により、人員不足によりベクター作成が進まなかった。
また発現ベクターの作成は、困難なものもあり、進行が遅れた。
SNPデータベースとの比較に予想以上に時間がかかったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後GenomicDNAをPCRで増幅し、ダイレクトシークエンスを行い、次世代シークエンスで得られた変異部位、Hot spotの有無などをさらに確認する。
また食道癌細胞株TEシリーズ、KYSEシリーズに関しても候補遺伝子に関するダイレクトシークエンスを行い、statusを確認する。
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[Journal Article] Connexin 32 and luteolin play protective roles in non-alcoholic steatohepatitis development and its related hepatocarcinogenesis in rats.2015
Author(s)
Sagawa H, Naiki-Ito A, Kato H, Naiki T, Yamashita Y, Suzuki S, Sato S, Shiomi K, Kato A, Kuno T, Matsuo Y, Kimura M, Takeyama H, Takahashi S.
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Journal Title
Carcinogenesis
Volume: 36
Pages: 1539-49
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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