次世代シークエンス解析による喫煙関連肺癌に対する新規治療標的の探索

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 26462142
• Research Institution: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• Principal Investigator: 守屋 康充 千葉県がんセンター(研究所), 呼吸器外科, 主任医長 (90375692)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 飯笹 俊彦 千葉県がんセンター(研究所), 医療局, 診療部長 (10272303) ; 横井 左奈 千葉県がんセンター(研究所), がんゲノムセンター, 部長 (30372452)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 肺癌 / 喫煙関連肺癌ｎ / 扁平上皮癌 / 遺伝子 / ゲノム / マイクロRNA / 外科

Outline of Annual Research Achievements

近年、分子標的治療薬の治療効果は、非喫煙者の肺腺癌におけるEGFR変異陽性例やALK転座例に著効を示し、注目を浴びている。しかし、扁平上皮癌など主に喫煙を発症要因とする肺癌（全肺癌の約60％程度）に対する分子標的治療薬は未だ開発されていない。
本研究は喫煙関連肺癌において、次世代シークエンス解析により400以上の癌関連遺伝子の全エクソン解析を行い、我々がすでに有する肺癌cDNA発現プロファイルおよびマイクロRNA発現プロファイルとの比較検討から喫煙関連肺癌の新しいシグナルパスウェイを解明し、実用化可能なレベルでの包括的な分子診断技術の開発および核酸医薬として応用できるような新規治療標的を探索することを目的としている。
現在、過去に当施設で治療を行った喫煙関連肺癌症例について、手術標本の凍結サンプルの中から癌腫瘍組織と正常組織由来のDNAを抽出精製している。現時点で、扁平上皮癌を中心に30例ほどの症例においてDNAを抽出精製し品質の確認を行っている。また、The Cancer Genome Atlasに公開されている肺扁平上皮癌、肺腺癌のRNA sequencing およびSNP arrayのデータを用いて情報学的解析を行った。ゲノムコピー数増加を認める染色体領域を探索し、その領域に座位し、肺扁平上皮癌に特異的に発現するマイクロRNAを探索したところ、正常肺組織、肺腺癌と比較して、肺扁平上皮癌で有意に発現上昇するマイクロRNAを30種、発現低下するマイクロRNAを4種同定した。これらのマイクロRNAのうち、特定の3種類のマイクロRNAの発現が上昇している症例の予後は有意に予後不良であった。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

現時点で、サンプルからのDNA抽出、臨床情報の収集は概ね順調に行われている。公共のデータベースを利用して、標的タンパクコード遺伝子群の探索も行われている。サンプルの臨床データと公共データベースの統合解析を現在行っている。

Strategy for Future Research Activity

今後は、上記肺癌サンプルを用いて、第3世代次世代シークエンサーを用いて癌関連遺伝子を解析し、さらにデータベースから探索された標的タンパクコード遺伝子に関して解析を行っていく予定である。

Causes of Carryover

当初の計画より学会出席が少なかったため。
臨床サンプルから得られたデータと公共データベースの情報学的解析から得られた標的遺伝子群の統合解析、検討を行う装置の購入が遅れたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

データの解析装置を購入するとともに、学会に出席し、研究成果を報告し、結果を論文として投稿する予定である。