2014 Fiscal Year Research-status Report
頭頸部癌における長鎖遺伝子間ncRNAのエピジェネティック制御について
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26462599
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
三澤 清 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (90334979)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
遠藤 志織 浜松医科大学, 医学部附属病院, その他 (10625205)
峯田 周幸 浜松医科大学, 医学部, 教授 (40190714)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | DNAメチル化 / 頭頸部癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
腫瘍部と正常部からサンプリングした中咽頭癌手術症例のDNAメチル化解析を次世代シークエンサーを使って解析した。腫瘍部と正常部のlincRNAの発現に違いのあるlincRNAを選び出した。また、UMSCC47細胞株を使って、脱メチル化治療を行い、治療前と比べて発現が変化したlincRNAを抽出した。これらの結果を統合して頭頸部癌に関係のあるlincRNAの特定を今後進める予定である。
GALR1遺伝子とSALL3遺伝子との間にあるlincRNAは、RP11-849, -715, -123, -451,-100, -671, -63, -176がある。これらのlincRNAの発現を、次世代シークエンサーでの解析結果と臨床検体での発現解析を照らし合わせ候補となるlincRNAを特定できた。この特定されたlincRNA-XをsiRNAでノックダウンし、GALR1とSALL3遺伝子のメチル化度を調べる準備を行っている。次に、EZH2も併せてノックダウンし同じくGALR1とSALL3遺伝子のメチル化度を調べる準備を行っている。GALR1とSALL3遺伝子のメチル化度が低下し、GALR1とSALL3のmRNA量の増加と細胞増殖低下を認めると、lincRNA-X⇔EZH2⇔GALR1/SALL3のlincRNAを介したエピジェネティック修飾に関して解明できると考える。
さらにEZH2阻害剤によるUMSCC47細胞株の治療を行った。今後次世代シークエンサー解析を行い。先に行った実験と併せて遺伝子の変化を確認していく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
臨床サンプルと細胞株を使ってのシークエンスが終了てきたことは1年目としては順調に進んだと考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シークエンサー解析によって、同定されたlincRNAの近傍に位置する新規遺伝子(M)をエピジェネティック修飾(DNAメチル化)しているか解析する。全ゲノムクロマチン免疫沈降シークエンス法によって得られたデーターとの照合も行う予定である。マイクロアレイ解析した同一症例からのDNAをバイサルファイト処理しDNAメチル化解析を行う。新規遺伝子(M)のプロモータ領域のCpGリッチな領域に定量的メチル化特異的PCR(Q-MSP)のプライマーをデザインする。解析には、当研究室に保有するTaKaRa Real-Time System TP800を使用する。対象は80例で予後解析も併せて行う。
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| Causes of Carryover |
1年目に配分額を多く見積もった影響である。繰り越し制度を利用して本年度も研究を遂行していく予定である。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
2年目の本年度は150万円ほどの使用を予定している。これまでの研究成果の発表と情報収集のため海外の学会参加も予定している。
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