2014 Fiscal Year Research-status Report
根管内細菌叢メタゲノム解析に基づく、新しい根尖性歯周炎の臨床診断法の開発
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26462869
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
佐藤 拓一 東北大学, 歯学研究科(研究院), 講師 (10303132)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
真柳 弦 東北大学, 歯学研究科(研究院), 助教 (10451600)
河村 好章 愛知学院大学, 薬学部, 教授 (80262757)
田中 香お里 岐阜大学, 生命科学総合研究支援センター, 教授 (20242729)
松山 順子 新潟大学, 医歯学系, 助教 (30293236)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 歯学 / 口腔細菌 / バイオフィルム / メタゲノム / 根尖性歯周炎 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
歯内疾患は根管内に生息する多種多様で、多量な細菌により惹起される。したがって、根管内に生息する細菌の質的および量的把握が重要である。本研究では、近年、注目を集めているメタゲノム解析法を応用した、精密、高感度な細菌検査法を駆使し、治療対象の根管内細菌叢を、根管治療に伴って、質的および量的に把握（モニタリング）することを目指す。
本年度は、感染根管内試料を対象として、効率的なメタゲノム解析のための実験条件の検討を行った。研究倫理専門委員会の承認のもとに、東北大学病院を受診した患者から、インフォームドコンセントを得たのちに、感染根管治療経過の進行に伴って、その都度、感染根管象牙質をKファイル（GC社）を用いて採取した。ファイルの刃部を滅菌ニッパで切断し、滅菌チューブに投入し、リン酸カリウムバッファーを加え、試料とした。試料から種々の方法で、DNA抽出を試みた。メタゲノム専用のタグ付きプライマーで、PCR増幅を行い、増幅効率を精製DNA濃度から推定した。今後、454 Genome Sequencer FLX System（Roche）によって、Pyrosequencing、BLAST search解析と進める予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験条件の検討が順調に進んでいるので。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後も実験条件の検討を進める。すなわち、メタゲノム解析に最適なDNA抽出法を決定し、メタゲノム専用のタグ付きプライマーで、PCR増幅を行い、その増幅効率を求める。そして、実際のPyrosequencingに供する予定である。
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| Causes of Carryover |
本年度は、実験条件の検討を行い、実際のPyrosequencingは次年度以降、行うため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度、実際のPyrosequencingを行うため、そのための費用を支出する予定である。
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Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Porphyromonas pogonae sp. nov., an anaerobic but low concentration oxygen adapted coccobacillus isolated from lizards (Pogona vitticeps) or human clinical specimens.2015
Author(s)
Kawamura Y, Kuwabara S, Kania SA, Kato H, Hamagishi M, Fujiwara N, Sato T, Tomida J, Tanaka K, Bemis DA
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Journal Title
Syst Appl Microbiol
Volume: 38
Pages: 104-109
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Porphyromonas pogonae sp. nov., a strong beta-hemolytic, low concentration oxygen tolerant species from lizards and human clinical specimens.2014
Author(s)
Kawamura Y, Kuwabara S, Kania SA, Kato H, Hamagishi M, Hayakawa S, Fujiwara N, Naka T, Sato T, Tomida J, Tanaka K, Yoshida Y, Morita Y, Bemis DA
Organizer
The 114th General Meeting of ASM
Place of Presentation
Boston, USA
Year and Date
2014-05-20
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[Book] Interface Oral Health Science 2014: Innovative Research on Biosis-Abiosis Intelligent2015
Author(s)
Sato T, Kawamura Y, Yamaki K, Ishida N, Tian L, Takeuchi Y, Hashimoto K, Abiko Y, Mayanagi G, Washio J, Matsuyama J, Takahashi N
Total Pages
6 (45-50)
Publisher
Springer
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