2014 Fiscal Year Research-status Report
口腔がん治療により生じる口腔細菌叢の量的・質的変化の次世代シーケンサーによる解析
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26463015
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大部 一成 九州大学, 大学病院, 講師 (80243955)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川野 真太郎 九州大学, 大学病院, 講師 (00398067)
竹下 徹 九州大学, 歯学研究科(研究院), 准教授 (50546471)
中村 誠司 九州大学, 歯学研究科(研究院), 教授 (60189040)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 口腔がん / 口腔細菌叢 / 唾液 / T-RFLP法 / 次世代シーケンサー / 放射線治療 / 化学放射線治療 / 口腔粘膜炎 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成26年度は患者から採取した口腔含嗽液について16S rRNA遺伝子を用いた細菌構成解析を前年度に引き続き進めた。
具体的には、採取した口腔含嗽液からDNAを抽出し、シーケンス用アダプター配列を付与した細菌共通配列である8Fおよびアダプター配列に加え、タグ配列を付与した338Rプライマーを16S rRNA遺伝子を増幅した。エマルジョンPCRを行った後、次世代シーケンサーの一つであるIon PGM (Life Technologies社) を用いて16名52検体（周術期4時点を含む）の解析を行った。
【結果】Ion 316チップ (Life Technologies社) を用いた解析で1,581,580リードの高品質リードが得られ、得られたシーケンスから448菌種 (OTU) に分類された。検出菌種数は術前から術後にかけて減少してゆく傾向が認められ、とくに手術後経口摂取開始前は93.5±10.3菌種とその他の時点に比べ有意に少なかった。検出された448菌種のうち33菌種はその構成比率に各時点で有意な変動が認められ、なかでもNeisseria flavacensとFusobacterium periodonticum は治療経過（治療開始前→化学放射線治療後→手術後）とともに大きく減少していた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
術前に化学放射線治療を行う群の分析は比較的順調に進んでいるが、手術のみの群と化学放射線治療のみの群の症例集積が不十分であるから。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は、
１．術前化学放射線治療を行い手術を行った群について、さらに数を増やすとともに原発部位や治療経過および予後に従って対象者を分類し、細菌構成の変動との関連について検討を行う。
２．手術のみの群と化学放射線治療のみの群のサンプル集積と分析を精力的に行う。
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| Causes of Carryover |
試薬の入荷が遅れるため、平成26年度内の発注を行わなかった結果、余剰金が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
この余剰金は平成27年度に引き続いて行う分析の試薬購入費などに充当する予定である。
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