2015 Fiscal Year Research-status Report
口腔がん治療により生じる口腔細菌叢の量的・質的変化の次世代シーケンサーによる解析
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26463015
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大部 一成 九州大学, 大学病院, 講師 (80243955)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川野 真太郎 九州大学, 大学病院, 講師 (00398067)
竹下 徹 九州大学, 歯学研究科(研究院), 准教授 (50546471)
中村 誠司 九州大学, 歯学研究科(研究院), 教授 (60189040)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 口腔がん / 口腔細菌叢 / 唾液検体 / 16SrRNA遺伝子 / 次世代シーケンサー / 化学放射線治療 / 口腔粘膜炎 / 周術期 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成27年度は被検者の新規登録を引き続き行い、新たに対象となった被検者からの口腔含嗽液検体の採取およびデータの取得を進めた。追加された検体については、含まれる各細菌の種類と構成比率を明らかにし、解析済みの検体のデータとともに口腔がん周術期の経過に伴う細菌構成の変動について検討を行った。
具体的には、まず本年度追加された口腔含嗽液検体からビーズ破砕法を用いて、含まれる微生物DNAの抽出を行った。これを鋳型として16SrRNA遺伝子における細菌共通配列である8Fおよび338Rを用いて同遺伝子の増幅を行い、次世代シーケンサーIon PGM (Thermofisher Scientific 社）を用いて塩基配列を解読した。得られたシーケンスリードのクオリティチェックの手順について再検討し、リバースプライマーの確認を追加することによりチェックを厳密にした。
27名の被検者における術前治療開始前、術前治療中、術前治療終了後、手術後経口摂取開始後の4時点の口腔細菌群集について、前年度に塩基配列解読をしたものとあわせておよそ200万リードの高品質リードが得られ、538 OTU（菌種レベル）に分類された。周術期の細菌構成の変化については、26年度の研究で認められた傾向が引き続いて認められた。細菌構成変動度を細菌構成類似度指標 UniFrac で評価すると術前治療前・中・後の変動よりも手術前と経口摂取開始間の変動の方が大きいことが示唆された。
術後経口摂取開始時点では、それまでと比べて構成菌種数の減少、Neisseria flavacens と Fusobacterium periodonticum といった菌種の構成比率の減少が認められた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新たに27例の症例の集積ができたが、術前化学放射線治療群の症例数がやや少なかった。また、がん以外の疾患患者の細菌叢を把握しておく必要があるのではないかと考えられるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は、
1) 各群のサンプル数を増やして結果の信頼性を増すようにする
2) 菌種の構成比率だけでなく細菌量についても検討を行う予定である。
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| Causes of Carryover |
一部試薬の入荷が遅れるため、27年度内の発注を行わなかったため余剰金が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
上記余剰金は平成28年度に引き続いて行う分析の試薬購入費に充当する予定。
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