2014 Fiscal Year Research-status Report
口腔マイクロバイオーム解析に基づく新規口腔ケア指針を確立するための基盤的研究
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26463165
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
山中 渉 九州大学, 歯学研究科(研究院), 共同研究員 (20726228)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
柴田 幸江 九州大学, 歯学研究科(研究院), 助教 (30274476)
竹下 徹 九州大学, 歯学研究科(研究院), 准教授 (50546471)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | マイクロバイオーム / 唾液 / 舌苔 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度はまず、本研究を始めるにあたっての基本的な準備として、口臭測定器械（オーラルクロマ）の測定方法と唾液および舌苔採取法について、スタッフ全員による習得を目指した。さらに、口臭測定値ならびに舌苔付着量の記録用紙の作製を行った。今年度は研究対象である“口臭を主訴として受診した患者の中で、歯周状態が比較的健康で舌苔の付着が顕著な患者”を一定人数確保することが困難であったため、以前に当医院で14名の歯周病患者から歯周治療前後に採取した唾液、舌苔、縁上プラーク、縁下プラークの細菌構成を調べ、歯周治療前後でのそれぞれの細菌構成の変動パターンを比較することで、唾液中の細菌群集の由来と歯周治療による口腔細菌叢の変化について検討した。すでに増幅している16S rRNA遺伝子のV1-V2領域について次世代シーケンサーを用いて塩基配列を解読し、112サンプルの細菌群集から得られた16S rRNA遺伝子断片群 (1,047,540リード) を解析してそれぞれの細菌構成を決定した。細菌構成類似度指標 UniFrac を用いて細菌群集全体像について検討したところ、歯周治療前後とも、唾液と舌苔の細菌構成の類似度は唾液と縁上プラークの細菌構成の類似度ならびに縁上プラークと舌苔の細菌構成の類似度に比べて有意に高かった。さらに、歯周治療前後において、縁上プラークの細菌構成が大きく変化したのに対し、唾液も舌苔もともに細菌構成の変化量が有意に小さかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究の目的は唾液の細菌構成が舌苔除去にともなって変化するか否かを調べることであり、その研究の実施には至っていない。しかしながら、本年度の研究結果より、歯周治療前後において、縁上プラークの細菌構成が大きく変化したのに対し、唾液の細菌構成の変化が小さいことが明らかとなり、唾液の細菌構成が縁上プラークに由来しない可能性が示唆された。
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| Strategy for Future Research Activity |
まず、昨年に引き続き、本研究の対象者となり得る患者に対して口臭測定、舌苔付着状況の診査および舌苔除去を実施し、唾液および舌苔を採取する。採取したサンプルよりビーズ破砕法を用いて抽出した細菌DNAをテンプレートとして16S rRNA遺伝子のV1-V2領域をPCRで増幅し、増幅したアンプリコンの塩基配列を1サンプルあたり、平均10,000シーケンス数を目処に次世代シーケンサーである半導体シーケンサーを用いてシーケンスを行う。これらの配列について97％の相同性に基づき類似の配列を群分けすることで、生物学的には種レベルと同等の分類となるOperation Taxonomic Unit (OTU)を構築し、各OTUの代表配列をRibosomal Database Project II (RDPII)のデータベース中のデータと最も近似する細菌種に割り振ることでそれぞれのOTUが該当する細菌種を推定して、各マイクロバイオームの細菌構成を解析する。次に、昨年度解析した歯周病患者から歯周治療前後に採取した唾液と舌苔について、歯周治療前後での細菌構成の菌種レベルでの変化を調べ、唾液と舌苔で比較検討する。
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| Causes of Carryover |
平成26年度は本研究の対象者の確保が一定人数に達しなかったため、DNA抽出などに関する費用が予定していた金額を下回り、助成金の次年度への持ち越しが生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成27年度は本研究の対象者の確保に努め、持ち越した助成金をサンプルからのDNA抽出ならびにPCR増幅などに要する費用に当てる予定である。
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