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2014 Fiscal Year Research-status Report

天然型SS結合を有する分子量1万の最小レポータ蛋白質の大腸菌を用いた改変

Research Project

Project/Area Number 26560432
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (10312240)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Keywords蛋白質工学 / 生物活性物質の探索 / SS結合 / 探索法 / ランダム変異
Outline of Annual Research Achievements

ガウシア・ルシフェラーゼ(以下GLuc;168残基)は、優れた最小のレポータ蛋白質となる可能性を秘めているが、5本のSS結合を有するため、大腸菌では天然状態での発現が難しく、その応用は遅れている。計画では、大腸菌を宿主としてSS結合を2本のみ有するGLucのN末端ドメイン(GLucの1-97残基;以下、GLucN)を用いて、その発光活性を改変し、最小のレポータ蛋白質(約90残基;蛍ルシフェラーゼの1/5以下)を創生することを目的とした。26年度では以下の成果を得た。
1、GLucNが発光活性を有することを確認したが、様々な工夫を行ったにも関わらず、その発光強度は弱く、また、大腸菌を宿主として発現したGLucNの収率が悪かった。そのため、当初予定していたGLucNの代わりに全長GLucを対象として本計画を実施することを決定した。
2、まず、発現量を低下させるレアコドン(rare codon)を除いた全長GLucの遺伝子配列を全合成し、新規遺伝子から成るGLucの発現系を作製した。発現系はpET15(Novagen社)を基にしており、その収量は従来の発現系を用いた時の約2倍に向上した(3mg/L)。
3、次に、ランダム・プライマーを用いてGLuc配列中に変異を導入し、発光波長が野生型と異なる変異体を探索(スクリーニング)した。スクリーニングには、研究代表者が先行研究で解明したVanX酵素による大腸菌の自己溶菌効果を応用した。VanXの溶菌効果を用いることで、GLucを菌体内からマイルドに抽出し、未精製状態で、培地中でスクリーニングすることを可能にした。その結果、最大発光ピークの波長が5nmレッドシフトした変異体を複数同定することに成功した。
以上の通り26年度では、全長GLucの新しい発現系を構築し、収率を約2倍に向上させ、最大発光ピークが5nmレッドシフトしたGLucの変異体を複数同定した。さらに、VanX酵素による大腸菌の自己溶菌効果を、未精製酵素のスクリーニングに応用することが可能であることを示した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本計画では、予定していた単一ドメインのGLucNの構築を断念し、代わりに全長GLucを用いて実行した。全長GLucはSS結合を多く形成するが、全長GLucの遺伝子を新規に合成したことで発現量を大幅に向上することに成功したため、本計画に用いた。その結果、発光活性を改良したGLucの変異体が複数同定できたことなどから、全長GLucの改良が順調に進んでいると言える。さらに、計画の重要な要素であったVanXの溶菌効果を酵素のスクリーニングへ応用するという目的を達成したことから、全体的にも計画は順調に進んでいると判断した。

Strategy for Future Research Activity

今後の研究方針として、2つ考えている。まずは、ランダム変異法を用いて全長GLucの発光最大強度の波長がさらにレッドシフトした変異体を探索する。次に、全長GLucの発現量を大幅に向上できたため、核磁気共鳴法(NMR)を用いた構造解析を進める予定である。M9培地で15N標識したGLucを1mg精製し、HSQCスペクトルを測定したところ、十分解析可能で良質なスペクトルを既に得ている。

  • Research Products

    (15 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Plant-PrAS: A database of physicochemical and structural properties, and novel functional regions in plant proteomes2015

    • Author(s)
      Atsushi Kurotani, Yutaka Yamada, Kazuo Shinozaki, Yutaka Kuroda, and Tetsuya Sakurai
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 56(1) Pages: -

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu176

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biochemical and biophysical characterization of an unexpected bacteriolysis activity of VanX- a member of the vancomycin-resistance vanA gene cluster-2014

    • Author(s)
      Shihori Sohya, Tetsuya Kamioka, Chisako Fujita, Tei Maki, Yoshihiro Ohta, and Yutaka Kuroda
    • Journal Title

      J Biol, Chem

      Volume: 289(52) Pages: 35686-35694

    • DOI

      10.1074/jbc.M114.590265

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] H-DROP: an SVM based helical domain linker predictor trained with features optimized by combining random forest and stepwise selection2014

    • Author(s)
      Teppei Ebina, Suzuki Ryosuke, Ryotaro Tsuji, Yutaka Kuroda
    • Journal Title

      J Comput Aided Mol Des

      Volume: 28(8) Pages: 831-839

    • DOI

      10.1007/s10822-014-9763-x

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Correlations between protein disorder and post-translational modifications in plants2014

    • Author(s)
      Atsushi Kurotani, Alexander A Tokmakov, Yutaka Kuroda, Yasuo Fukami, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 30(8) Pages: 1095-1103

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt762

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 複数ペプチドの全原子分子動力学シミュレーションを用いたアミロイド形成機構の解析2015

    • Author(s)
      小須田慧司, 末永敦, 泰地真弘人, 黒田裕
    • Organizer
      第4回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      日本大学文理学部(東京都・世田谷区)
    • Year and Date
      2015-03-09 – 2015-03-10
  • [Presentation] Structural and thermodynamic study of extensively simplified BPTIs reveals a novel enthalpy stabilization mechanism through multiple alanine substitution2014

    • Author(s)
      Mohammad Monirul Islam, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] X-ray crystallography and ELISA interaction studies reveal the sero-specificity in dengue virus2014

    • Author(s)
      Manjiri Ravindra Kulkarni, Monirul M. Islam, Montasir Elahi, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] 全原子MDシミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2014

    • Author(s)
      小須田 慧司, 末永 敦, 佐藤 雄士, 泰地 真弘人, 黒田 裕
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] Analysis and control of amorphous protein aggregation using short peptide tags2014

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda
    • Organizer
      JSPS Japan Hungary Joint Seminar
    • Place of Presentation
      蛋白質研究所(大阪大学)(大阪府・吹田市)
    • Year and Date
      2014-11-18 – 2014-11-20
    • Invited
  • [Presentation] Analysis of protein crystallization using short Solubility Controlling Peptide tags2014

    • Author(s)
      黒田裕、Mohammad M Islam
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] Epitope grafted mutants provide molecular insights into sero-speci_c interactions of Dengue's ED3 with it`s monoclonal antibody(Best Poster Award;ベストポスター賞受賞)2014

    • Author(s)
      Manjiri R. Kulkarni, Montasir Elahi, Monirul M. Islam, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      2nd UTISA Symposium-2014
    • Place of Presentation
      在日本インド大使館(東京都・千代田区)
    • Year and Date
      2014-06-27
  • [Presentation] 疎水性・親水性モデルを用いらないタンパク質溶解性の解析2014

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • Invited
  • [Presentation] VanXの溶菌活性を用いた新規スクリーニング法の開発2014

    • Author(s)
      呉 楠、上岡 哲矢、黒田 裕
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [Presentation] Analysis of Protein Aggregation by using Dynamic Light Scattering and Static Light Scattering Techniques2014

    • Author(s)
      Md. Golam Kabir、Tamotsu Zako、Mizuo Maeda、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [Presentation] Biophysical analysis of protein aggregation kinetics using Solubility Controlling Peptide( SCP) tags2014

    • Author(s)
      Mohammad M Islam、Alam M Khan、黒田 裕
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜/横浜産貿ホールマリネリア(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27

URL: 

Published: 2016-05-27  

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