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2015 Fiscal Year Research-status Report

反応性アフィニティータグを用いた蛋白質標識・精製・検出法の開発

Research Project

Project/Area Number 26560439
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

どど 孝介  国立研究開発法人理化学研究所, 袖岡有機合成化学研究室, 専任研究員 (20415243)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords蛍光標識 / タンパク質 / ペプチド / アフィニティー精製
Outline of Annual Research Achievements

ケミカルバイオロジー分野において、生物活性化合物の結合タンパク質の同定、さらにその結合部位の同定は、その作用機序解明のために重要な情報を与える。そのため、生物活性化合物の活性を損なうことなく導入可能なタグが必要である。本研究では蛋白質標識官能基・アフィニティー精製タグ・検出官能基の3つの機能を一つのタグで併せ持つ「反応性アフィニティータグ」を開発することで、本命題の解決を目指す。
昨年度は標識官能基と検出官能基の機能を併せ持つ蛍光標識化タグに関して、その精製システムの検討を行い、モデルペプチドでの検討ではあるが蛍光標識化されたペプチドを精製することに成功している。そこで本年度は本システムを結合部位が未知の生物活性化合物へと適用し、その結合部位同定を試みた。その結果、更なる検証が必要ではあるが、結合部位候補の同定に成功した。
さらに、昨年度見出すことができた特定の金属錯体に対して錯体形成能を持つ官能基に関して、既知の酵素阻害剤へと組み込んだプローブを設計・合成し、その標的となる酵素に反応させた後に、その結合部位ペプチドをアフィニティー精製できるかどうかを検討した。その結果、固相担持された金属錯体を用いることで、結合部位ペプチドの効率的な精製に成功し、その結合部位が酵素の触媒中心に相当することを検証することができた。この結果は、本官能基が新しいアフィニティー精製タグとして使用可能であることを示唆している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度はモデルペプチドを用いた実験系と同時に実際の結合タンパク質を使用し、これまでに開発してきたタグが実際に結合部位同定に使えるかどうかを検討した。その結果、蛍光標識化タグに関しては未知の結合部位の同定に成功し、金属錯体を利用したアフィニティー精製法でも予想される結合部位が確かに精製されることがわかった。以上の結果は、昨年度までペプチドを中心にして検討してきたものがタンパク質へと適用可能であることを示唆しており、最終年度に向けて計画通りに進んでいると考えられる。

Strategy for Future Research Activity

これまでの検討結果をもとに、最終目的として細胞から生物活性化合物の結合タンパク質の同定、結合部位の同定まで挑戦する。その際には、まずは数種の精製タンパク質を混合したものに対して条件検討を行い、様々な問題点を洗い出した上で、実際の細胞の系へと進める。また生細胞に対して結合タンパク質の同定を進める場合にも、状況に応じて細胞抽出物を使うなどして、実験系の複雑さをコントロールしながら条件検討を進める。

Causes of Carryover

モデルタンパク質に研究室がすでに保有する精製タンパク質が使用できることがわかり、その購入費用を節約することができたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度は細胞からの結合タンパク質の同定を進めるために非常に高価な担体の購入ないしは受託による合成が必要となる。次年度使用額を合算使用することで、この費用に充てたい。

  • Research Products

    (6 results)

All 2016 2015

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Unique features of chiral palladium enolates derived from β-ketoamide: Structure and catalytic asymmetric Michael and fluorination reactions2015

    • Author(s)
      Kenji Hayamizu, Naoki Terayama, Daisuke Hashizume, Kosuke Dodo, and Mikiko Sodeoka
    • Journal Title

      Tetrahedron

      Volume: 71 Pages: 6594-6601

    • DOI

      10.1016/j.tet.2015.07.002

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Turn-ON fluorescent affinity labeling using small bifunctional O-NBD unit2016

    • Author(s)
      Kosuke Dodo
    • Organizer
      2016 Queenstown Molecular Biology Meetings
    • Place of Presentation
      Shanghai, China
    • Year and Date
      2016-03-17 – 2016-03-18
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 蛍光turn-ON型ラベル化法と質量分析法を用いた生物活性化合物の標的タンパク質解析2015

    • Author(s)
      淺沼三和子、どど孝介、藤本直子、袖岡幹子
    • Organizer
      BMB2015(第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会 合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫・神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Unique features of chiral palladium enolates derived from β-ketoamide: Structure and catalytic asymmetric Michael and fluorination reactions2015

    • Author(s)
      Kenji Hayamizu, Naoki Terayama, Daisuke Hashizume, Kosuke Dodo, and Mikiko Sodeoka
    • Organizer
      16th Tetrahedron Symposium Asia edition
    • Place of Presentation
      Shanghai, China
    • Year and Date
      2015-11-10 – 2015-11-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Turn-ON fluorescent affinity labeling using small bifunctional O-NBD unit2015

    • Author(s)
      Kosuke Dodo, Takao Yamaguchi, Miwako Asanuma, Shuichi Nakanishi, Yohei Saito, Masateru Okazaki, Mikiko Sodeoka
    • Organizer
      European Chemical Biology Society (ECBS) & International Chemical Biology Society (ICBS) Joint Meeting
    • Place of Presentation
      Berlin, Germany
    • Year and Date
      2015-10-07 – 2015-10-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ネクローシス制御機構解明を目指したケミカルバイオロジー研究:蛍光turn-ON型アフィニティーラベル化法の開発2015

    • Author(s)
      どど孝介
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島・徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-24
    • Invited

URL: 

Published: 2017-01-06  

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