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2014 Fiscal Year Research-status Report

酵素プローブを用いたRNA修飾部位網羅的探索の実践と応用

Research Project

Project/Area Number 26560442
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

鈴木 健夫  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 講師 (90533125)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
KeywordsRNA / 化学修飾 / 修飾酵素 / 網羅的探索
Outline of Annual Research Achievements

TrmAヒトホモログ遺伝子など対象とするRNA修飾遺伝子についてタグ融合状態でヒト培養細胞内で発現できるようクローニングした。アミノ酸置換による不活性変異体も行っている。作成したコンストラクトについて汎用的な培養細胞株での発現確認を行い、報告のなかった細胞内局在に関する知見を得た。またケミカルプロービングのための核酸アナログ分子の培養細胞RNA内への取り込み効率を培地中濃度と培養時間で検討した。複数の候補分子から細胞生育への影響が少ないものについて取り込み効率が最大(結果として約15%)となる濃度と培養時間を決定した。
最終的にアナログ分子導入条件下におけるRNA結合能を評価した。ここではシュードウリジン合成酵素PUS1の一過性発現とアナログ分子導入をあわせて行い、PUS1のタグ抗体免疫沈降画分におけるRNAに既知の基質RNAが濃縮されているかをqRT-PCRによって検討し、アナログ分子依存的に既知の基質RNAの濃縮が確認された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

目的遺伝子を複数クローニングし、発現条件とアナログ分子の取り込みを検討した。既知RNA基質での検証段階とはいえアナログ分子依存的な酵素へのRNA濃縮ができたと考えられ、コンセプト実証という観点から一定の達成があったと考えている。また目的遺伝子としてクローニングしたうちには未だ基質が不明なものもあり、細胞内局在の知見を得ることで標的基質の推測や今後の検証を進める足がかりを得た。

Strategy for Future Research Activity

今回みられたRNA回収物の検証やRNA回収法の最適化は引き続きすすめる必要がある。mRNA中の修飾同定という観点ではこの年度だけで多くの論文が発表され、存在証明という点では先行されてしまった修飾構造も存在する。一方、方法論としては未だ実証されていない新規なアイデアであることや探索されていない修飾を対象にしているなど既報にない要素を含めつつ計画を推進していく必要があると考えている。

Causes of Carryover

現段階ではモデル実験とその検証、そのための条件検討を行ったが、小スケールでも可能な実験系をデザインし、実施したものが多かったことが挙げられる。

Expenditure Plan for Carryover Budget

今後は培養細胞をより大きなスケールで扱う実験系が考えられ、次年度使用によるそれを補っていく計画である。また今後の目標である大規模シーケンス解析と、それに供するcDNAライブラリの作成に活用する計画である。

  • Research Products

    (11 results)

All 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Cdk5rap1-mediated 2-methylthio modification of mitochondrial tRNAs governs precise protein translation and contributes to myopathy in mice and humans.2015

    • Author(s)
      Wei, F. Y., Zhou, B., Suzuki, T., Miyata, K., Ujihara, Y., Takahashi, N., Xie, P., Michiue, H., Fujimura, A., Kaitsuka T., Matsui, H., Koga, Y., Mohri, S., Suzuki, T., Oike, Y., Tomizawa, K.
    • Journal Title

      Cell Metab.

      Volume: 21 Pages: 428–42

    • DOI

      10.1016/j.cmet.2015.01.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNAの修飾欠損と疾患2015

    • Author(s)
      鈴木 勉、浅野 奏、鈴木 健夫
    • Journal Title

      ファルマシア

      Volume: 51 Pages: 32-36

  • [Journal Article] Human NAT10 Is an ATP-dependent RNA Acetyltransferase Responsible for N4-Acetylcytidine Formation in 18 S Ribosomal RNA (rRNA)2014

    • Author(s)
      Ito, S. Horikawa, S. Suzuki, T. Kawauchi, H. Tanaka, Y. Suzuki, T. Suzuki, T.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 289 Pages: 35724-30

    • DOI

      10.1074/jbc.C114.602698

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A single acetylation of 18 S rRNA is essential for biogenesis of the small ribosomal subunit in Saccharomyces cerevisiae2014

    • Author(s)
      Ito, S. Akamatsu, Y. Noma, A. Kimura, S. Miyauchi, K. Ikeuchi, Y. Suzuki, T. Suzuki, T.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 289 Pages: 26201-12

    • DOI

      10.1074/jbc.M114.593996

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 5-Hydroxymethylcytosine Plays a Critical Role in Glioblastomagenesis by Recruiting the CHTOP-Methylosome Complex2014

    • Author(s)
      Takai, H. Masuda, K. Sato, T. Sakaguchi, Y. Suzuki, T. Suzuki, T. Koyama-Nasu, R. Nasu-Nishimura, Y. Katou, Y. Ogawa, H. Morishita, Y. Kozuka-Hata, H. Oyama, M. Todo, T. Ino, Y. Mukasa, A. Saito, N. Toyoshima, C. Shirahige, K. Akiyama, T.
    • Journal Title

      Cell Rep

      Volume: 9 Pages: 48-60

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2014.08.071

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A complete landscape of post-transcriptional modifications in mammalian mitochondrial tRNAs2014

    • Author(s)
      Suzuki, T. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 42 Pages: 7346-57

    • DOI

      10.1093/nar/gku390

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ミトコンドリアtRNAタウリン修飾の生合成と機能2014

    • Author(s)
      鈴木 健夫、浅野 奏、魏 范研、富澤 一仁、池内 与志穂、鈴木 勉
    • Organizer
      第14回日本ミトコンドリア学会年会
    • Place of Presentation
      九大医 百年講堂、福岡市、福岡県
    • Year and Date
      2014-12-03 – 2014-12-05
  • [Presentation] 哺乳類ミトコンドリアにおけるtRNA48位の5-メチルシチジン修飾酵素の同定2014

    • Author(s)
      中野 紗緒里、鈴木 健夫、荒木 喜美、荒木 正健、鈴木 勉
    • Organizer
      第14回日本ミトコンドリア学会年会
    • Place of Presentation
      九大医 百年講堂、福岡市、福岡県
    • Year and Date
      2014-12-03 – 2014-12-05
  • [Presentation] A complete landscape of post-transcriptional modifications in mammalian mitochondrial tRNAs2014

    • Author(s)
      Suzuki, T. and Suzuki, T.
    • Organizer
      The 25th tRNA conference
    • Place of Presentation
      Kyllini, Greece
    • Year and Date
      2014-09-21 – 2014-09-25
  • [Presentation] Mitochondrial disease as the first instance of RNA modopathy2014

    • Author(s)
      Takeo Suzuki, Kana Asano, Fan-Yan Wei, Kazuhito Tomizawa, Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      第16回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち、名古屋市、愛知県
    • Year and Date
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • Invited
  • [Presentation] Analysis of the functional role of FTSJ1 related to non-syndromic X-linked intellectual disability2014

    • Author(s)
      Shoji Hirata, Takeshi Chujo, Takeo Suzuki, Kenjyo Miyauchi, Yuichi Goto, Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      第16回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち、名古屋市、愛知県
    • Year and Date
      2014-07-23 – 2014-07-25

URL: 

Published: 2016-05-27  

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