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2015 Fiscal Year Research-status Report

シリカ細孔内におけるRNA3塩基認識の熱力学

Research Project

Project/Area Number 26620112
Research InstitutionIbaraki University

Principal Investigator

山口 央  茨城大学, 理学部, 准教授 (10359531)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywordsナノ細孔 / DNA / 3塩基認識
Outline of Annual Research Achievements

3塩基認識は,リボソームでのタンパク質合成において重要な役割を担っている。しかし,in-vitro系での実験的困難さから,その熱力学的安定性に関する知見は得られていない。本研究では,無機ナノ細孔空間内におけるRNAの3塩基認識に関する一連の(塩基配列やミスマッチの有無など)熱力学的パラメーターの算出を目指している。平成27年度は,以下の課題について研究を進めた。
【トリプレットリピートDNAを用いた検証】(CCG)4トリプレットリピートは,3塩基の塩基対で形成されるステム部位を有するヘアピンループ(HL)構造を形成するため,HL構造をモデルとしたアミン修飾シリカ細孔内における熱力学的パラメーター算出を検討した。その結果,バルク溶液中に比べて細孔内ではHL構造が若干不安定化すること(融解温度が約10℃低下,エンタルピー変化の差が0.8 kcal/mol)を見いだした。この結果は,ループ部位と細孔内壁との相互作用によってHL構造が変化することを示唆するものであり,当初予定していたHL構造を利用したRNA3塩基認識の検証が困難であることが分かった。
【細孔サイズの検証】不凍水(水/エタノール混合溶液)を利用した短鎖DNA断片の二重鎖形成エンタルピーを決定する実験系を構築した。この実験系を利用して3塩基DNA断片の二重鎖形成エンタルピーと細孔サイズの相関を検証した。その結果,二重鎖形成エンタルピーがバルク溶液系での推定値に比べて低下すること,また,エンタルピーが細孔サイズによって変化することを見いだした。これは,空間サイズも考慮した3塩基認識過程の検証が今後可能であることを示すものである。また,本年度においては,RNA3塩基認識のためのシリカ細孔内壁の修飾についても検討を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究計画段階で予定していたヘアピンループ構造を用いた検証が,ループ部位の存在によって妨害を受けることをこれまでに確認した。そこで,検証のために適切なDNA構造を模索するために,やや達成度が遅れている。

Strategy for Future Research Activity

検証のための適切なDNA構造を模索した。その結果,短鎖DNA断片の二重鎖形成を利用した検証を行ったところ,3塩基認識に関わるエンタルピーの決定,およびエンタルピーの細孔サイズ依存性に関する新しい知見が得られた。今後は,短鎖DNA断片の二重鎖形成を利用した実験系の改良(現在はCG塩基対を含むDNAに適用できない)を行うことで,一連の塩基配列での熱力学的パラメーター算出を目指す。

Causes of Carryover

研究計画段階で予定していたヘアピンループ構造を用いた検証が,ループ部位の存在によって妨害を受けることをこれまでに確認した。そこで,検証のために適切なDNA構造を模索するために,やや達成度が遅れている。このように研究進行が若干遅れているために,繰越金が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

本研究を遂行するために必要不可欠な,DNAや試薬の購入のために使用する。

  • Research Products

    (6 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Thermodynamics of Complexation between Thiourea-Based Receptor and Acetate in Water/Acetonitrile Mixture2016

    • Author(s)
      T. Suzuki, Y. Shibuya, T. Sato, S. Nishizawa, I. Sato, A. Yamaguchi
    • Journal Title

      Anal. Sci.

      Volume: in press Pages: none

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Optical Waveguide Spectroscopy for Study of Biological Events inside Inorganic Nanopores2015

    • Author(s)
      Akira Yamaguchi
    • Organizer
      PACIFICHEM 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] チオ尿素型アニオンレセプターと酢酸イオンの錯形成におよぼす水和の影響2015

    • Author(s)
      鈴木貴矢,山口央
    • Organizer
      第26回日本化学会関東支部茨城地区研究交流会
    • Place of Presentation
      日立市多賀市民プラザ
    • Year and Date
      2015-11-27
  • [Presentation] チオ尿素型アニオンレセプターと酢酸イオンの錯形成の温度依存性2015

    • Author(s)
      鈴木貴矢,山口央
    • Organizer
      日本分析化学会第64年会
    • Place of Presentation
      九州大学伊都キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-09 – 2015-09-11
  • [Presentation] 水/アセトニトリル混合系におけるチオ尿素型レセプターの水素結合型錯体形成の温度依存性2015

    • Author(s)
      鈴木貴矢,山口央
    • Organizer
      平成27年度関東支部分析若手交流会
    • Place of Presentation
      晴海グランドホテル
    • Year and Date
      2015-06-26 – 2015-06-27
  • [Remarks] 山口研究室HP

    • URL

      http://anal.sci.ibaraki.ac.jp/yama/yamalab.html

URL: 

Published: 2017-01-06  

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