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2015 Fiscal Year Annual Research Report

重水素同位体シフトを用いるタンパク質側鎖間水素結合ダイナミクス解析

Research Project

Project/Area Number 26650023
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

楯 真一  広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (20216998)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
KeywordsNMR / 安定同位体 / 水素結合 / タンパク質構造動態 / 重水素同位体シフト
Outline of Annual Research Achievements

Pro異性化酵素Pin1を対象として活性部位に保存されたH59,H157間の水素結合状態と異性化反応活性の相関を解析した.今期は,活性部位にあるC113をALAおよびSERに置換した2種類の変異体と,Pin1タンパク質の熱安定性を向上させるS138A変異体についても活性部位の水素結合に摂動を加え,活性残基間の過渡的水素結合と異性化活性の相関解析を進めた.
C113側鎖は,スルフォネートイオン状態でH59と水素結合を形成し,H59はさらにH157と側鎖間で水素結合を形成するネットワークを形成している.C113A変異体では,C113-H59の水素結合を切断する状態を模している.一方で,C113S変異体はC113側鎖がプロトン化されてチオールの状態を形成した状態を模している.いずれの状態もPro異性化反応過程の中間状態として生じる状態と考えられている.興味深いことに,反応中間体を模したいずれの状態においても,H59-H157の間の水素結合は破壊され,2つのHisのイミダゾールリングの互変異性状態に大きな違いが生じることが明らかになった.この状態変化の解析には本研究で開発した重水素同位体シフトを用いた計測が必要であったことを強調する.C113との水素結合状態の変化により誘導されるHisの互変異性状態変化が,H59-H157側鎖間の水素結合形成を阻害する機構を明らかにした.アロステリックな水素結合摂動機構が,Pin1活性部位の水素結合ネットワーク中には存在する.S138A変異体では,逆にH59-H157の側鎖間の水素結合強度が野生体型より強まることが観測され,これまでとは異なるアロステリック摂動機構を見いだした.
これまでの研究から,活性部位にある活性残基間での水素結合強度が強くても弱くても異性化活性は弱くなるため,水素結合強度のバランスが異性化活性には重要であることが明らかになった.

  • Research Products

    (13 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 7 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Academia Sinica/清華大学(台湾)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      Academia Sinica/清華大学
  • [Int'l Joint Research] Lyon1(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Lyon1
  • [Journal Article] Sequential backbone resonance assignments of the E.coli dihydrofolate reductase Gly67Val mutant:folate complex2016

    • Author(s)
      Narayanan,S.P., Maeno,A., Wada,Y., Tate,S., Akasaka,K.
    • Journal Title

      Biomol. NMR Assign.

      Volume: 10 Pages: 125-129

    • DOI

      10.1007/s12104-015-9650-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Allosteric breakage to the hydrogen bond within the dual-histidine motif in the active site of human Pin1 PPIase2015

    • Author(s)
      Wang,J., Tochio,N., Kawasaki,R., Tamari,Y., Xu,N., Uewaki,J., Utsunomiya-Tate,N., Tate,S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 54 Pages: 5242-5253

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.5b00606

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Coating the outer surface of glass nanopipette with chlorobenzene-terminated polysiloxane2015

    • Author(s)
      Takami,T., Ojiro,Y., Ogawa,S., Takaku,Y., Ogawa,Y., Saito,M., Matuoka,H., Tate,S.
    • Journal Title

      e-J.Surf.Sci. Nanotech

      Volume: 13 Pages: 79-84

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural dynamics and their functional implications of the intrinsically disordered regions (IDRs) in transcription regulatory proteins2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      Pacifichem2016
    • Place of Presentation
      Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-16 – 2015-12-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural dynamics and functions of folded and intrinsically disordered proteins (IDPs)2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      Inst. Sciences Analytiques Seminar in Lyon1 Univ.
    • Place of Presentation
      Lyon, France
    • Year and Date
      2015-11-29 – 2015-12-01
    • Invited
  • [Presentation] Functional significance of the transient folding of intrinsically disordered proteins (IDPs)2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      第53回 日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • Invited
  • [Presentation] How life can be understood by physics and mathematics2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      Inst. Mathematics in Univ. Science and Technology of China
    • Place of Presentation
      Shanghai, China
    • Year and Date
      2015-09-03 – 2015-09-05
    • Invited
  • [Presentation] Functional significance of the transient folding of intrinsically disordered proteins (IDPs)2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      第15回 日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2015-06-25 – 2015-06-26
    • Invited
  • [Presentation] Functional significance of the transient folding of intrinsically disordered proteins (IDPs) revealed by combinatorial approaches including high-speed AFM, SAXS, molecular dynamics and NMR2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      Gorodn Research Seminar
    • Place of Presentation
      Lucca, Italy
    • Year and Date
      2015-06-04 – 2015-06-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Functional significance of the transient folding of intrinsically disordered proteins (IDPs) revealed by the combinatorial approaches2015

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      Academia Sinica Inviting Seminar
    • Place of Presentation
      Taipei, Taiwan
    • Year and Date
      2015-04-11 – 2015-04-12
    • Invited
  • [Remarks] TaleLab Home

    • URL

      http://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/biophys/index.html

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-02-16  

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