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2015 Fiscal Year Research-status Report

真核細胞における遺伝子発現ノイズの制御機構

Research Project

Project/Area Number 26650055
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

谷口 雄一  国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, ユニットリーダー (90556276)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords1分子・1細胞生物学 / 生物物理学 / システム生物学 / 超高感度顕微鏡技術 / 微細加工技術 / 生命反応の物理
Outline of Annual Research Achievements

本年度においては、1つ1つの細胞内に含まれるmRNA・タンパク質の個数を決定することを目的として、細胞内に含まれる全ての蛍光点を正確に計数する測定システムの開発を行った。
一般的な1分子蛍光顕微鏡の光学系においては、レーザー光をカバーガラス面で全反射させた時に生じる薄い染み出し光を蛍光の励起光源として利用するため、細胞の底面膜表面でしか1分子観察を行えない。一方で最近開発されたライトシート光学系では、シート状のレーザー光を顕微鏡の焦点面に入射させることにより、核のような細胞深部に至るまで任意の焦点面で蛍光1分子観察が可能となるが、試料をアガロースに包埋するなどの前処理が必要であるために実用上の困難がある。これに対して代表者は、独自の手法を用いることによりライトシート顕微鏡特有の試料の制約性を解消する新しいライトシート顕微鏡システムを開発してきた(特願2013-79956)。本年度においては、この顕微鏡に細胞を3次元的にスキャンするための高速スキャナと画像解析システムを導入することで、1細胞内の全分子の3次元マッピングを行うシステムを開発した。細胞内での実際の蛍光タンパク質の拡散速度を考慮したところ、1 kHzのカメラレートで撮像を行いながら、0.5 マイクロメートル/ミリ秒以上のスピードでZ軸方向の焦点移動を行えば十分に定量化に耐えうるとの試算を得ている。本研究ではこれを実現すべく、高速ピエゾステージを顕微鏡に搭載し、高速・超高感度カメラと同期させて連続撮像を行うシステムを構築した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度に予定していた単一細胞内分子数測定システムの開発は現段階でほぼ達成し、現在はその次の目標であるmRNA・タンパク質測定に向けた準備をすでに進めている状況であり、おおむね順調に進展していると判断できる。本研究の計測対象である出芽酵母は、大腸菌と比較して強い自家蛍光を持っているため、蛍光がバックグラウンドの自家蛍光で打ち消されてしまうという問題がある。mRNAの検出には、理論上数十個の蛍光タンパク質のスポットが生じるため十分な蛍光量が確保できている。一方、タンパク質の検出は、1個の蛍光タンパク質しか目的タンパク質に融合していない関係上、十分に画像のコントラストが得られないことが分かった。そこで代表者は、蛍光タンパクを数個タンデムに融合する方式を採用し、これにより、シグナルノイズ比を十分に高めることができることを実証した。今後の研究においては、開発した技術を用いてmRNAの発現・輸送と同時にタンパク質の発現を捉えることにより、mRNA・タンパク質のノイズ量との関連性を解析していく予定である。

Strategy for Future Research Activity

研究計画は現在のところ順調に進捗しており、今後も申請時の研究計画の流れに沿って研究を進めていく予定である。

Causes of Carryover

本年度においては機種選定を次年度に行った方が適切と判断される物品があったため、基金分の研究費を次年度に持ち越しとしている。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度においては、持ち越し分の研究費の使用と、研究計画に沿った予算の執行を適切に行っていく予定である。

  • Research Products

    (8 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] デラウェア大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      デラウェア大学
  • [Journal Article] Genome-wide analysis on protein and mRNA copy numbers in single Escherichia coli cells with single-molecule sensitivity2015

    • Author(s)
      Taniguchi, Y.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 1346 Pages: 55-67

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-2987-0_5

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 1分子蛍光顕微鏡による1細胞内遺伝子発現の可視化2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Journal Title

      顕微鏡

      Volume: 50 Pages: 81-85

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 1細胞内オミックス動態のモデル化2016

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      生命動態の分子メカニズムと数理シンポジウム
    • Place of Presentation
      シェラトンホテル広島(広島市)
    • Year and Date
      2016-03-26 – 2016-03-26
    • Invited
  • [Presentation] 1細胞内多階層オミックス動態の連関性2016

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      大阪大学・生命機能数理モデル検討会
    • Place of Presentation
      大阪大学(吹田市)
    • Year and Date
      2016-03-09 – 2016-03-09
    • Invited
  • [Presentation] 単一細胞における1分子レベルでのmRNA・タンパク質発現ゆらぎの動態観察2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-02 – 2015-12-02
    • Invited
  • [Presentation] 1細胞内多階層オミックス動態の連関性の解明に向けて2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      RCAST計測・計算・生命科学ワークショップ
    • Place of Presentation
      東京大学(目黒区)
    • Year and Date
      2015-08-07 – 2015-08-07
    • Invited
  • [Presentation] ライトシート顕微鏡による1分子遺伝子発現イメージング2015

    • Author(s)
      谷口雄一
    • Organizer
      QBiC-CDB Quantitative Developmental Biology Workshop
    • Place of Presentation
      理化学研究所(吹田市)
    • Year and Date
      2015-04-14 – 2015-04-14
    • Invited

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-01-27  

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